网上最全的空间转录组数据库大汇总

“空间转录组技术”自2020年被评为年度技术方法后，也已经过去五年啦，下面就来盘点一下哪些地方可以下载空转的数据，有哪些空间转录组数据库。

STOmicsDB 数据库

该数据库于2024年1月5号发表在NAR杂志上，文献标题为《STOmicsDB: a comprehensive database for spatial transcriptomics data sharing, analysis and visualization》，发表单位来自深圳国家基因库和深圳华大生命科学研究院。

该数据库整合了17 个物种，数据更新到了360个空间转录组数据，网址为：

https://db.cngb.org/stomics/

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进去看一个项目，里面的数据基本上都是提供的h5ad格式的数据：

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SpatialDB 数据库

这个数据库于2020年1月8号发表在NAR杂志上，文献标题为《SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes》。发表单位为：中国科学院生物物理研究所，大名鼎鼎的陈润生院士团队。

该数据库包括5个物种（人类、小鼠、果蝇、秀丽隐杆线虫和斑马鱼）的24个空间转录组数据集，网址为：

http://spatialomics.org/SpatialDB/index.php

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数据下载都是一个压缩包：

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SPASCER 数据库

2023年发表在NAR杂志，文献标题《SPASCER: spatial transcriptomics annotation at single-cell resolution》。

SPASCER全称为spatial transcriptomics annotation at single-cell resolution，是专为空间转录组数据建立的注释数据库。该数据库收集了来自4个物种（人，小鼠，鸡，斑马鱼）的16个器官类型（胚胎，脑，脊髓，心脏，肺，乳房，肝脏，胰腺，淋巴，肾脏，前列腺，膀胱，睾丸，皮肤，子宫，和肠道）的1082个数据集。数据库网址为：

https://ccsm.uth.edu/SPASCER

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四个物种的数据分布：

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数据下载也是提供的一个压缩包：

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SODB 数据库

该数据库2023 年在《Nature Methods》发表，附带Python开发的软件工具，文献标题为《SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data》。

数据库包括25种以上空间组学技术的2400多个实验数据，这些数据以统一的数据格式提供，兼容多种计算软件包，并且可以免费获取。SODB还提供多种交互式数据分析模块，特别是独特的空间组学视图（Spatial Omics View，简称SOView）模块。数据库网址为：

https://gene.ai.tencent.com/SpatialOmics/

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数据统计：基本上下载也是提供的h5ad格式。

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CROST 数据库

于2024年发表在NAR杂志上，文献标题《CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics》。

是一个空间转录组学的综合数据库，包括了182 个空间转录组数据集，涵盖来自 8 个不同物种（ (Homo sapiens, Mus musculus, Danio rerio, Gallus gallus, Canis lupus familiaris, Phalaenopsis aphrodite and Rattus norvegicus)）、35 种组织和 56 种疾病的 1033 个样本。针对单个样本提供了全面的生物信息分析，包括空间变异基因（SVG）分析、细胞类型注释、空间相关性、空间共定位、通讯分析和功能注释等。数据库网址：

https://ngdc.cncb.ac.cn/crost/

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最新数据统计如下：提供h5格式下载

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SpatialData 数据库

2024年3月发表在Nature Methods杂志上，文献标题《SpatialData: an open and universal data framework for spatial omics》。SpatialData是一个建立统一、可扩展的多平台文件格式的框架——SpatialData，为空间注释和跨模态聚合与分析提供便利, 是个分析框架，也有一些数据。

数据库网址为：

https://spatialdata.scverse.org/en/latest/tutorials/notebooks/datasets/README.html

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CancerSRT 数据库

2024年发表在J Genet Genomics. 杂志上，文献标题《CancerSRT: a spatially resolved transcriptomics database for human cancers》。这是一个人类癌症空间转录组数据库，汇集、整理并分析了14种人类癌症的46个ST数据集(347个子集)，数据集来源于5种不同的空间转录组学技术。

数据库网址：

http://cancersrt.info/

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SPATCH 数据库

SPATCH于2024年发表在预印本上，文献标题《Systematic Benchmarking of High-Throughput Subcellular Spatial Transcriptomics Platforms》，单位为北大曾泽贤团队。

SPATCH，全称 SPAtial Transcriptomics resource for subCellular and High-throughput platforms，是一个空间转录组学资源，专注于亚细胞分辨率和高通量平台的数据集，包括Stereo-seq v3、Visium HD、NanoString 6K、Xenium 5K等，并提供配对的CODEX和单细胞转录组（scRNA-seq）数据作为参考。该数据集首次对最先进的空间转录组学技术进行了基准测试，并提供了大量基因的面板数据。数据库网址：

http://spatch.pku-genomics.org/

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