Conda的部署与使用

生信老学长

“师兄，这个包怎么安。”“师兄，人家要python2和我的python冲突了怎么办”。实验室师妹向你请教的时候，你却无从开口？欸，盆友，跟着老学长学习conda，收获师妹憧憬的目光。

conda（https://anaconda.org/anaconda/conda）是一个用来安装包及部署环境的工具。使用conda可以完美的隔离容易混淆的环境以及解决包不兼容的问题。很多生信相关的包你安装一上午，其实使用conda一个命令行就可以安装。事实上，conda的使用十分简单。

1. conda的下载

Conda在windows和linux都可以安装，我们这里主要介绍linux系统。Conda分为完整版Anaconda（https://www.anaconda.com/download）或轻量级Miniconda（https://conda.io/miniconda.html）两种。我们一般使用Miniconda就可以。

在https://repo.anaconda.com/archive/我们可以寻找到很多conda包，下载最新的就可以。

或者下载最新文件，在https://www.anaconda.com/download下载页面点击get started。注册后登录下载Linux对应的sh文件。

2、conda的安装

下载后，我们可以通过VScoda将文件上传到我们的服务器。我们在文件选项将目的文件夹添加到工作区，可能需要重新输入密码。我们可以在vscode右击文件夹新建文件，之后将本地文件拖入目的文件夹，这样我们将本地的conda安装包上传到服务器。

在vscode中右击安装包在的文件夹，复制路径。之后，我们打开终端，在这里我们可以输入代码行来进行linux的操作。

我们输入 cd 后ctrl+V粘贴路径，例如cd path/packages/apps。我们使用ls命令来查看文件夹中的文件，这时安装包应该存在在输出中。以我的安装包为例，我们可以输入

bash ./Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

来启动安装程序。根据提示按下回车，之后一直按下回车到输入yes，之后输入你的目的安装目录（注意要求是没有存在的路径，例如你想在/path/安装，请输入/path/conda，它会自动新建路径）。最后一直根据指示输入yes就可以。

3、conda的一些概念及探索

安装后请重新打开终端，我们可以在这里打开一个新的bash终端。输入conda命令这里如果有指导输出，代表conda安装成功。

此时我们可以探索conda最重要的两个功能，1、环境的建立；2、包的安装。

环境事实上就是各种软件或者库，有时候一些软件需要特定版本范围的库或者软件支持，而我们可以使用conda来开辟各种环境来防止软件的相互影响。我们可以使用以下命令来建立一个名称为envname的并且具有python3.8和R4.3.2的包。

conda create -n envname python=3.8 r-base=4.3.2

建立后我们需要激活这个环境

conda activate envname

此时你的前缀应该从(base)变为(envname)

我们此时学习一些软件及包的安装，这里以R包clusterProfiler为例，我们在https://anaconda.org/中搜索包的名字，点击进入。我们可以使用这里的任意命令输入到终端安装，例如

conda install bioconda::bioconductor-clusterprofiler。

这样，我们就在R中安装好了这个包。我们在终端输入R打开R，加载这个包试一试：library(clusterProfiler)。

4、常用的conda命令

我们之前使用了conda create，conda activate，conda install这三个命令，其余命令请参考

https://docs.conda.org.cn/projects/conda/en/stable/commands/index.html

我们列举一些常用的命令。

anaconda remove 包名 删除包

conda update 包名 更新包

conda env list 列出环境名

conda remove --name env_name --all 删除环境

conda list 包名 列出包的信息

1. 频道的一些知识

Conda的频道channel实际上是类似库的一个概念，其中defaults是官方频道，conda-forge为共享包的频道。你可以使用

conda config --show channels

命令查看在搜索和安装包时会按顺序查找哪些频道。Conda的频道十分多，当你发现有个软件安装失败的时候，你可以搜寻拥有这个软件的频道，以bwa软件为例：

conda search bwa --info

在url你可以看到在bioconda频道中具有这个包。之后你可以将频道添加到现有的频道中

conda config --add channels bioconda

或者临时使用频道

conda install -c bioconda bwa。

你可以使用

conda config --remove channels bioconda 来删除。

请注意频道冲突，不要随意更改频道顺序，从一个频道安装包的时候可能会引用已经安装的其他频道的软件，这可能导致频道冲突。为了避免不同频道中的包版本冲突，最佳实践是启用严格频道优先级。这强制 Conda 只使用最高优先级频道中的包，即使其他频道有“更新”的版本。以defaults位列，使用

conda config --set defaults strict。

1. mamba加速安装软件

Mamba 是一个快速的 Conda 包管理器，使用 C++ 重写了依赖解析器，与 Conda 完全兼容，它可以并行快速的安装软件。使用conda install -c conda-forge mamba安装mamba。在后续使用conda的时候将conda命令替换为mamba即可。但是请注意，具我使用的经验来看，mamba极其容易导致conda环境的崩坏，请不要在一个常用的成熟conda环境随意使用mamba。

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