R语言，linux及服务器远程配置

生信老学长

嗨，生信同路人，我是生信老学长。上阵杀敌，十八般武器总要会使上两门，赤手空拳不是大师就是大尸。一般来说，在常用的语言中我建议从R语言入门，相较于python和MATLAB，它函数集成更好，新手较为友好。为了大家有个清晰的认识，我将R比作武器，集成开发环境（IDE）就是操作台，而linux则是战场环境。

一、R语言初识

R 语言是一种专为统计分析、数据挖掘、图形可视化而设计的编程语言和环境。首先考虑windows系统，我们从https://www.r-project.org/网站下载R，依次点击download、China通道后，选择你的操作系统点进Base下载R。关与Linux的R安装，请参考我关于Conda的介绍。

二、IDE的下载及使用

由于直接使用R语言设计到包的安装，代码的储存及修改，图像的输出及保存等。因此，一个好的集成环境是必要的，这也就是IDE。Rstudio是我们本地常用的IDE，然而考虑到服务器的连接及远程开发问题，在这里我推荐VScode（https://code.visualstudio.com/）。下载安装好VScode后，我们可以查看其界面，主要使用的功能区在左侧，我们可以使用快捷键ctrl+B来控制它的展出。

1. 插件的安装

为了连接服务器，我们需要下载SSH插件。我们按图在左侧找到插件模块并搜索SSH，安装Remote-SSH插件。

2、服务器的连接

安装完毕后，左侧会出现下图的图标。我们在这里添加自己的服务器IP 地址。

之后在右下角点击通知，打开配置

Host是昵称，HostName填入IP地址，User后填入用户名，port后填入端口（一般默认为22），ctrl+S保存。这样左侧应该会出现你的连接。点击图示位置后，就可以连接你的服务器啦。

3、R的路径

我们在左上角点击三个小点，打开终端，新建终端。输入which R，输出就是你R的路径。

4、R的部署

这里一共有三步。我们下载R插件，并在左下角的设置中打开设置，点击设置。如果你要连接本地的R使用用户选项，连接服务器的R使用远程选项。

a、在搜索框输入r.rterm，在linux框中输入你的R路径。使用Ctrl+S保存。

b、搜索框输入r.sessionWatcher，勾选。

c、在左上角文件中新建文本文件，之后ctrl+S保存为test.R。输入install.packages("languageserver")。选择三角形的运行脚本，等待安装完毕。恭喜你，你已经配置好远程开发R的VScode了。

1. 尝试运行

复制这串代码，运行它。

# 创建数据

x <- 1:10

y <- x^2 + rnorm(10)

# 绘制散点图

plot(x, y,

main = "简单散点图",

xlab = "X轴",

ylab = "Y轴",

col = "blue",

pch = 16)

到此，恭喜你踏入生信的第一步。从这里开始你广阔的生信世界吧。

VX:生信老学长

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