人类四维核组结构与功能的综合视图

4D核组（4DN）项目由美国国立卫生研究院共同基金资助，成立于2015年，旨在绘制细胞核在空间和时间上的三维组织（第四维）。在第一阶段，联盟专注于开发和基准测试用于测量基因组结构的实验和计算方法。这项工作为关键人类细胞类型提供了染色质相互作用数据的基础资源。该项目的第二阶段于2021年开始，重点转向理解染色质动态及其对人体健康和疾病的功能意义。

4D核组数据库

https://data.4dnucleome.org/ 人类基因组（4D核组）的动态三维（3D）组织与基因组功能相关。研究人员创建并整合了多样的4D核组基因组数据集，每个数据集都贡献了独特的观测结果，收集超过14万种细胞类型环绕相互作用的广泛目录，详细分类和注释染色体结构域类型及其核下位置，并获得所有基因核环境的单细胞三维模型，包括它们与远端元素的远程相互作用。通过广泛的基准测试，描述了不同基因组检测方法在研究四维核组的独特优势，并为未来研究提供了指导方针。基于群体和单个细胞间基因组结构变异的三维模型显示，染色体折叠、细胞核组织、染色质环路、基因转录和DNA复制之间存在联系。最后，展示了利用计算方法预测DNA序列中的基因组折叠，这将有助于发现遗传变异（包括与疾病相关的变异）对基因组结构和功能的潜在影响。

4D核组数据门户托管由4DN网络及其他参考核组学数据集生成的数据，以及不断扩展的开放数据处理和可视化工具集。

测序实验的原始数据来自数据生成实验室。数据在数据门户中通过开源软件、开放的工作流程描述和对工作流程运行的细致记录进行公开处理。如果某一实验类型尚未有处理流程，则可从数据生成实验室收集处理结果，并附带实验室提供的工作流程描述。

结果按实验分类，并重复实验集。浏览页面是探索复制实验集的主要入口。你可以在侧边栏的分类筛选和/或搜索栏通过关键词搜索缩小实验范围。

参考

• • 1. https://data.4dnucleome.org/joint-analysis
• • 2. https://www.nature.com/articles/s41586-025-09890-3
• • 3. https://data.4dnucleome.org/