我在Red Hat Linux6服务器上运行R 2.15.2。我的目标是通过RODBC连接到另一台机器上的MS SQL Server数据库。我做了研究,并从the microsoft support website下载并安装了MS SQL ODBC驱动程序的linux版本。我希望从源代码中构建unixODBC版本2.3.0,因为它是windows驱动程序所需的,并且还不在RHL repos中( repo版本是2.2.14)。
总之,经过一些工作,我终于正确地安装和配置了驱动程序,并且可以通过isql
命令成功连接到SQL Server数据库:
$ isql -v test testuser testpass
+---------------------------------------+
| Connected! |
| |
| sql-statement |
| help [tablename] |
| quit |
| |
+---------------------------------------+
SQL>
所以我知道我已经正确设置了我的odbc.ini
和odbcinst.ini
文件。
但是,当我尝试从R内部访问ODBC连接时,发生了以下情况:
> test <- odbcDriverConnect('DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass')
Warning messages:
1: In odbcDriverConnect("DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass") :
[RODBC] ERROR: state IM002, code 0, message [unixODBC][Driver Manager]Data
source name not found, and no default driver specified
2: In odbcDriverConnect("DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass") :
ODBC connection failed
下面是R中odbcDataSources
命令的结果:
> odbcDataSources()
named character(0)
我一直在做一些研究,我认为解决方案(尽管我可能是错的)可能与正确配置ODBC环境变量有关,以便RODBC知道在哪里可以找到odbc.ini
。根据我的研究,我找到了以下可能相关的环境变量: RODBC我对这些变量应该设置为什么有一个合理的想法,但我不确定如何永久地设置它们,以便$ODBCINI, $ODBCSYSINI, $ODBC_ROOT $ODBC_INCLUDE, and $ODBC_LIBS.
可以识别到哪里可以找到合适的文件。
有人能为我解释一下吗?我不确定我是否正确地理解了环境变量在linux中是如何工作的,特别是为什么isql
连接起来没有问题,而RODBC
甚至找不到驱动程序/数据源。
注意:当我安装了unixODBC的repo版本时,在R中使用install.packages('RODBC')
命令可以很好地安装RODBC。但是,在我从源代码安装unixODBC 2.3.0之后,由于依赖问题,RODBC安装将失败,我必须使用guide posted here从源代码安装RODBC。有没有可能我一开始就没有正确地配置ODBC,这就是我现在遇到麻烦的原因?
发布于 2013-02-24 05:48:52
哇,我还以为我是唯一一个研究这种东西的人呢。我不得不解决同样的问题,发现最好的解决方案是使用rjdbc。这很容易配置,因为在linux或osx上的ODBC非常参差不齐。RJDBC的性能非常好,因为它使用本地的ms sql server jar来执行查询。下面是我们的一个脚本中的一个例子。您只需从微软下载sqljdbc4.jar,然后将install.package("RJDBC")下载到您的环境中。我意识到您正在尝试让ODBC工作,我也确实让它在osx上工作,但由于linux的时间问题,我放弃了。
library(RJDBC);
drv <- JDBC('com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver', '/usr/local/project/dataproviders/jdbc/sqljdbc4.jar', identifier.quote="'");
ch <- dbConnect(drv, 'jdbc:sqlserver://the.server.address.net;databaseName=DataWarehouse', 'USERNAME', 'PASSWORD');
allsupp_allprod_allproc <- dbGetQuery(ch, paste("SELECT [Date], Sum([Fail]) as Numerator, Sum([Pass] + [Fail]) as Denominator,'' as Annotation,'True' as 'Use for CL' FROM [PSU_YieldData] Group by [Date] Order by [Date]"));
发布于 2015-02-20 09:07:27
它找不到驱动程序,因为您没有指定它!我也不明白DSN的东西是如何工作的,但在类似的情况下,这对我是有效的:
ch <- odbcDriverConnect('driver={SQL Server};server=servername;database=databasename;uid=username;pwd=password;')
sqlQuery(ch,'sql script',stringsAsFactors = FALSE)
当然,它需要精确。并将{SQL Server}替换为您拥有的任何驱动程序。这是最棘手的部分。servername与Management Studio中的下拉列表中出现的内容相同,在您的示例中可能是"test“。isql必须自动使用正确的驱动程序。
例如,对于MySQL,它可能是:
Driver={MySQL ODBC 5.1 Driver};Server=localhost;Database=myDataBase;User=myUsername;Password=myPassword;Option=3;
我只是搜索"mysql odbc连接字符串“,而不是任何特定于R的东西。
发布于 2018-03-27 06:19:11
在MacOS10.13.3High Sierra上配置unixODBC后,我也遇到了这个问题。我尝试配置我的.Renviron为ODBCINI设置一个R特定的环境变量,但是RODBC仍然不能列出我的数据源名称(DSN)。此外,我无法让它找到ODBCinst.ini中指定的驱动程序,甚至无法获得使用RODBC::ODBCDriverConnect()的连接字符串,尽管我能够使用isql进行连接。
我能够让JDBC连接工作,但我不想依赖于JVM,而且我已经有了一个为RODBCext编写的重要数据库访问代码。
最终成功的原因很简单:
remove.packages('RODBC')
install.packages('RODBC', type="source")
似乎如果你在mac上从源安装RODBC,它可以正确地识别odbc.ini文件和odbcinst.ini文件。
感谢这篇文章的微妙评论,解锁了钥匙:http://eriqande.github.io/2014/12/19/setting-up-rodbc.html
https://stackoverflow.com/questions/13820745
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