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R 3.1.0中的R Rcpp安装错误
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Stack Overflow用户
提问于 2015-06-09 00:54:35
回答 2查看 1.3K关注 0票数 0

我想使用install.packages("Rcpp")安装Rcpp,但失败了。错误消息:

* installing *source* package ‘Rcpp’ ...
** package ‘Rcpp’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c Date.cpp -o Date.o
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c Module.cpp -o Module.o
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c Rcpp_init.cpp -o Rcpp_init.o
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c api.cpp -o api.o
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c attributes.cpp -o attributes.o
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c barrier.cpp -o barrier.o
g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o Rcpp.so Date.o Module.o Rcpp_init.o api.o attributes.o barrier.o
installing to /home/sethbrin/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/Rcpp/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/home/sethbrin/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/Rcpp/libs/Rcpp.so':
 /home/sethbrin/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/Rcpp/libs/Rcpp.so: undefined symbol: _ZNSt15basic_streambufIcSt11char_traitsIcEE7seekoffExSt12_Ios_SeekdirSt13_Ios_Openmode
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/sethbrin/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/Rcpp’

The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp6PKB8N/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("Rcpp") :
installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit status

然后我使用

c++fit _ZNSt15basic_streambufIcSt11char_traitsIcEE7seekoffExSt12_Ios_SeekdirSt13_Ios_Openmode

std::basic_streambuf<char, std::char_traits<char> >::seekoff(long long, std::_Ios_Seekdir, std::_Ios_Openmode)

我已经为此寻找了一些解决方案。似乎是因为有了gcc的版本吧。但是我不知道如何更改R用来编译Rcpp包的gcc版本。

EN

回答 2

Stack Overflow用户

发布于 2015-06-09 01:00:49

CRAN测试Rcpp就像测试其他(现在) 6700+包一样。

您可以看到aggregate test report和测试设置包括两台基于Fedora的机器:

因此,您的问题可能是局部的,或者仅仅是由于使用了较旧的设置。在这种情况下,Archive section允许您访问较旧的版本。

票数 3
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Stack Overflow用户

发布于 2018-05-31 06:20:25

我也遇到过类似的问题。经过一些搜索,下面是修改编译器的解决方案:

根权限1.如果您拥有根权限:

我发现R目录中的Makeconf文件实际上设置了编译所需的所有信息。

要找到它的路径,请在命令行中回显which R

例如,我得到的答案是:/data/apps/R/3.1.2/bin/R

然后该文件位于:/data/apps/R/3.1.2/lib64/R/etc/Makeconf

然后,sudoCC = XXX行上编辑文件,可能还会编辑更多相关的行。

问题解决了!

2.如果您只有本地用户权限。

将您自己的配置添加到~/.R/Makevars

然而,@Dirk可能是对的。

对我来说,我最终通过将-Doff_t=__off_t添加到CFLAGS解决了我的问题(我的问题是error: unknown type name 'off_t')。当我手动修改编译器的某些部分时,我得到了挂起的错误...

票数 0
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/30714943

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