Snakemake:目标规则不能包含通配符
Snakemake:目标规则不能包含通配符
提问于 2018-06-13 07:41:13
我试图提供一堆文件作为snakemake的输入，但由于某些原因，通配符不起作用：
rule cluster:
input:
script = '/Users/nikitavlasenko/python_scripts/python/dbscan.py',
path = '/Users/nikitavlasenko/python_scripts/data_files/umap/{sample}.csv'
output:
path = '/Users/nikitavlasenko/python_scripts/output/{sample}'
shell:
"python {input.script} -data {input.path} -eps '0.3' -min_samples '10' -path {output.path}"我希望snakemake从umap目录中读取文件，获取它们的名称，然后使用它们将它们传递给python脚本，这样每个结果都将获得一个惟一的名称。如何才能在不出现我现在遇到的错误的情况下完成此任务：
Building DAG of jobs...
WorkflowError:
Target rules may not contain wildcards. Please specify concrete files or
a rule without wildcards.更新
我发现最有可能的情况是在顶部需要rule all：
所以我这样添加了它：
samples='SCID_WT_CCA'
rule all:
input:
expand('/Users/nikitavlasenko/python_scripts/data_files/umap/
{sample}_umap.csv', sample=samples.split(' '))然而，我收到了以下奇怪的消息：
Building DAG of jobs...
Nothing to be done.所以，它没有运行。
更新
我认为这可能与我在顶部只有一个样本名称的事实有关，所以我将其更改为：
samples='SCID_WT_CCA WT SCID plus_1 minus_1'并添加了相应的文件，当然，但它没有修复这个错误。
实际上，如果我运行snakemake cluster，我会得到和最上面一样的错误，但是如果我只运行snakemake，那么就会出现nothing to be done错误。我尝试用绝对路径替换相对路径，但没有帮助：
samples='SCID_WT_CCA WT SCID plus_1 minus_1'
rule all:
input:
expand('data_files/umap/{sample}_umap.csv', sample=samples.split(' '))
rule cluster:
input:
script = 'python/dbscan.py',
path = 'data_files/umap/{sample}_umap.csv'
output:
path = 'output/{sample}'
shell:
"python {input.script} -data {input.path} -eps '0.3' -min_samples '10' -path {output.path}"回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2018-06-13 20:45:13
"all“规则应该将您希望其他规则生成的文件列表作为输入作为输出。在这里，您似乎使用的是启动文件的列表。
尝试以下操作：
samples = 'SCID_WT_CCA WT SCID plus_1 minus_1'
rule all:
input:
expand('output/{sample}', sample=samples.split(' '))
rule cluster:
input:
script = 'python/dbscan.py',
path = 'data_files/umap/{sample}_umap.csv'
output:
path = 'output/{sample}'
shell:
"python {input.script} -data {input.path} -eps '0.3' -min_samples '10' -path {output.path}"Stack Overflow用户
发布于 2018-06-14 05:37:13
根据bli answers的建议，我能够解决这个问题。但是，还需要做一处额外的修改。我将output/{sample}传递给python脚本，它从此路径生成了两个文件。这似乎不应该这样做，因为当snakemake写道它看不到output/file_name时，我得到了另一个错误。显然，只有当我手动设置所有路径，而不是python动态修改它时，它才能看到它们，所以我这样做了，这是最终的Snakefile，它工作得很好：
samples='SCID_WT_CCA WT SCID plus_1 minus_1'
rule all:
input:
expand('output/{sample}_umap.png', sample=samples.split(' ')),
expand('output/{sample}_clusters.csv', sample=samples.split(' '))
rule cluster:
input:
script = 'python/dbscan.py',
path = 'data_files/umap/{sample}_umap.csv'
output:
path_to_umap = 'output/{sample}_umap.png',
path_to_clusters = 'output/{sample}_clusters.csv'
shell:
"python {input.script} -data {input.path} -eps '0.3' -min_samples '10' -path_to_umap {output.path_to_umap} -path_to_clusters {output.path_to_clusters}" 页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/50827275
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