MPI生成和cray的aprun
MPI生成和cray的aprun
提问于 2018-08-15 09:57:53
假设我有一个主程序，它基本上是一个1级的mpi，它使用MPI生成5个worker程序。
现在，如果我使用以下命令执行我的master
aprun -n 1 -N 1 master产卵后的总等级数为6，但这6个等级是否都在同一个节点上运行？有没有什么办法可以将6分配给3个节点？
我可以精确地复制一个主进程和5个工作进程。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-08-16 08:00:36
Cray MPI直到最近才支持MPI_Comm_spawn，它为衍生的MPI作业管理资源的解决方案是独一无二的。使用aprun启动占位符作业，以管理用于托管生成的作业的资源，即，将托管生成的MPI队列的核心/节点。占位作业管理的一组资源称为“排名池”，类似于内存池。下面是如何设置和使用等级池：
rankpool.c
int main(int argc, char **argv) {
MPI_Init(&argc, &argv);
/* Name this rank pool "all_nodes", which will be
* used by MPI_Comm_spawn to identify it. */
MPIX_Comm_rankpool(MPI_COMM_WORLD, "all_nodes", /* 60 seconds timeout */ 60);
MPI_Finalize();
}spawning_app.c
[ ... code goes here ... ]
MPI_Info_create(&info);
/* key = "rankpool", value = "all_nodes" */
MPI_Info_set(info, "rankpool", "all_nodes");
MPI_Comm_spawn("master", argv, num_ranks,
info, 0, comm, &child_comm,
MPI_ERRCODES_IGNORE);
[ ... more code ... ]如果你想在三个节点上分配6个等级，你可以使用aprun -n 6 -N 2启动你的等级池，这样你就有了6个总等级，每个节点有2个等级。
如果您希望为生成的等级提供更具体的布局，则可以在传递给MPIX_Comm_rankpool的通信器中对等级进行重新排序，以获得此效果。例如，如果您的主作业派生了不同的子作业，每个子作业具有4个等级，并且您希望每个子作业的等级均匀分布在节点上，则可以从以下位置对MPI_COMM_WORLD中的等级进行重新排序：
MPI_COMM_WOLRD
--------------
node 1 node 2 node 3 node 4
ranks 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15要这样做：
reordered_comm
--------------
node 1 node 2 node 3 node 4
ranks 0 4 8 12 1 5 9 13 2 6 10 14 3 7 11 15MPIX_Comm_rankpool将尝试为每个子作业分配一组连续的等级，因此子作业通常在每个节点上都有一个等级。
有关这一切如何工作的更多详细信息，请参阅Cray的动态流程管理whitepaper。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/51851939
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