FlowJo v10.0中的Spade
FlowJo v10.0中的Spade
提问于 2018-09-23 15:42:49
我在R中安装spade包时遇到了一个问题：
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.7 (BiocInstaller 1.30.0), ?biocLite for help
> biocLite("spade")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.7 (BiocInstaller 1.30.0), R 3.5.1 (2018-07-02).
Installing package(s) ‘spade’
Old packages: 'foreign', 'survival'
Update all/some/none? [a/s/n]:
n
Warning message:
package ‘spade’ is not available (for R version 3.5.1)
> 回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-09-28 07:34:12
该问题可能与spade出现在BioConductor 3.4版删除的包列表中有关。请参阅：https://bioconductor.org/about/removed-packages/
尝试将最新版本的spade_1.8.0安装到R 3.5.1失败，因为它依赖于另一个废弃的软件包igraph0。igraph已经取代了igraph0。由于igraph与igraph0有很大的不同，您可能需要确定该包的所有用途，并重写包代码，然后在本地安装。
另一个难题是，您选择不更新安装程序脚本标识为缺失的包。这在这种情况下没有什么不同(而且这是一个误导性的信息)，但我不会在未来推荐这种做法。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/52464070
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