如何评估R包中动态库中的C函数？
如何评估R包中动态库中的C函数？
提问于 2018-10-30 05:47:46
我正在尝试在一个R包中实现并行计算，该包使用.C函数从R调用C。集群的节点似乎不能访问动态库。我做了一个并行socket集群，如下所示：
cl <- makeCluster(2)我想使用R包parallel中的clusterEvalQ在集群中的每个节点上评估R包中名为valgrad的C函数。但是，我的代码产生了一个错误。我编译了我的包，但是当我运行
out <- clusterEvalQ(cl, cresults <- .C(C_valgrad, …))其中，…表示C函数valgrad中的参数。我得到了这个错误：
Error in checkForRemoteErrors(lapply(cl, recvResult)) :
2 nodes produced errors; first error: object 'C_valgrad' not found我怀疑clusterEvalQ访问动态库的能力有问题。我尝试通过使用以下命令将glmm包加载到集群中来修复此问题
clusterEvalQ(cl, library(glmm))但这并没有解决问题。
我可以使用foreach R包中的foreach函数评估每个集群上的valgrad，如下所示：
out <- foreach(1:no_cores) %dopar% {.C(C_valgrad, …)}no_cores是集群中的节点数。但是，此函数不允许在集群的任何后续计算中访问valgrad的任何计算结果。
我怎么才能
(1)使valgrad的评估结果可供集群上的后续计算使用，或者
(2)使用clusterEvalQ对valgrad进行评估
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-10-30 06:09:09
您必须加载外部库。但这不是通过library调用完成的，而是通过dyn.load完成的。
以下两个函数非常有用如果您使用多个操作系统，它们使用内置变量.Platform$dynlib.ext。
还要注意unload函数。如果您开发一个C函数库，您将需要它。如果您在测试之前更改了一个C函数，则必须卸载动态库，然后重新加载(新版本)。
请参阅编写R Extensions，文件R-exts.pdf，位于文档文件夹的第5节或CRAN上。
dynLoad <- function(dynlib){
dynlib <- paste(dynlib, .Platform$dynlib.ext, sep = "")
dyn.load(dynlib)
}
dynUnload <- function(dynlib){
dynlib <- paste(dynlib, .Platform$dynlib.ext, sep = "")
dyn.unload(dynlib)
}页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/53054331
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