如何在Python中删除XML元素？
如何在Python中删除XML元素？
提问于 2019-03-02 14:37:57
我正在尝试用ElementTree删除xml文件中的一些元素。我的代码没有给出任何错误，但它没有做我想要的事情。我想输入CHAIN_ID和RES_POSITION，当我查看新编写的xml文件时，我希望看到这个残差被删除。
我的xml文件太大了，所以下面是它的一个示例：
<SEQ>
<CHAIN>
<CHAIN_ID>A</CHAIN_ID>
<RESIDUE>
<RES_POSITION>1</RES_POSITION>
<AA_CODE>S</AA_CODE>
</RESIDUE>
<RESIDUE>
<RES_POSITION>2</RES_POSITION>
<AA_CODE>E</AA_CODE>
</RESIDUE>
<RESIDUE>
<RES_POSITION>3</RES_POSITION>
<AA_CODE>H</AA_CODE>
</RESIDUE>Mycode：
def deleted_residue(mychain_id, myresidue_id, file):
mytree = ET.parse(file)
chain = [seq for seq in mytree.findall('.//CHAIN') if seq.findtext('.//CHAIN_ID') == mychain_id]
sequence = [res for res in mytree.findall('.//RESIDUE') if res.findtext('.//RES_POSITION') == myresidue_id]
for seq in chain:
for res in sequence:
if mychain_id == "A" and myresidue_id == "2":
seq.remove(res)
return deleted_residue("A", "2", "pdb_one_letter.xml")
ET.tostring(SEQ, encoding='utf8').decode('utf8')
tree.write("pdb_one_letter_deleted.xml")
from xml.dom import minidom
pdbtoxml = minidom.parseString(ET.tostring(SEQ)).toprettyxml(indent=" ")
with open("pdb_one_letter_deleted.xml", "w") as pdb:
pdb.write(pdbtoxml)回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-03-05 04:30:39
您的代码有点令人困惑；尤其是列表理解部分和minidom的使用。
基于这一点：
我正在尝试用ElementTree删除
文件中的一些元素。我的代码没有给出任何错误，但它没有做我想要的事情。我想输入CHAIN_ID和RES_POSITION，当我查看新编写的xml文件时，我希望看到这个残差被删除。
我认为你可以通过在XPath predicates中进行值测试来简化...
XML Input (test.xml)
<SEQ>
<CHAIN>
<CHAIN_ID>A</CHAIN_ID>
<RESIDUE>
<RES_POSITION>1</RES_POSITION>
<AA_CODE>S</AA_CODE>
</RESIDUE>
<RESIDUE>
<RES_POSITION>2</RES_POSITION>
<AA_CODE>E</AA_CODE>
</RESIDUE>
<RESIDUE>
<RES_POSITION>3</RES_POSITION>
<AA_CODE>H</AA_CODE>
</RESIDUE>
</CHAIN>
</SEQ>Python 3.x
import xml.etree.ElementTree as ET
def deleted_residue(mychain_id, myresidue_id, file):
tree = ET.parse(file)
for chain in tree.findall(f".//CHAIN[CHAIN_ID='{mychain_id}']"):
for residue in chain.findall(f"./RESIDUE[RES_POSITION='{myresidue_id}']"):
chain.remove(residue)
tree.write(file)
deleted_residue("A", "2", "test.xml")XML输出(修改的test.xml)
<SEQ>
<CHAIN>
<CHAIN_ID>A</CHAIN_ID>
<RESIDUE>
<RES_POSITION>1</RES_POSITION>
<AA_CODE>S</AA_CODE>
</RESIDUE>
<RESIDUE>
<RES_POSITION>3</RES_POSITION>
<AA_CODE>H</AA_CODE>
</RESIDUE>
</CHAIN>
</SEQ>如果需要删除多个RESIDUE，在函数外部解析并传入树会更有意义。
希望这能有所帮助。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/54955900
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