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问R语言 TCGAbiolinks 包错误处理请教？

提问于 2020-03-15 03:41:26

回答 0关注 0查看 1.2K

Error in crul::curl_fetch_memory(url, handle=handle):

Timeout was reached:[api.gdc.cancer.gov]Operation timed out after 10000 milliseconds with 0 out of 0 bytes received

应该怎么处理，请教大神?

php

r 语言

游戏加速分发场景解决方案

帮助解决游戏内的卡顿和高延时现象，为玩家提供更好的游戏体验

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TCGA数据下载：R包TCGAbiolinks介绍

数据类型

昨天介绍了TCGA2STAT这个R包，今天来继续根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序来介绍R包TCGAbiolinks包，其下载数据类型类似于TCGA2STAT，但是又比它难懂。

努力在北京混出人样

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TCGA数据库R包集大成者TCGAbiolinks

https 网络安全数据库数据挖掘 sql

主要是因为GDC官网虽然权威，但是太复杂了，不利于初学者。而且GDC官网是针对TCGA数据库的每个癌症的每个病人的不同数据分开存放，每次都是批量下载后，整理合并的。但是我们前面的在线接口，去cbioportal或者FireBrowse都是以癌症为单位下载不同数据集。包括后面分享的：

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2022/07/26

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新版TCGAbiolinks包学习：差异分析

barcode correlation edge na sample

上一篇文章里面简单学习了一下表达矩阵的提取，顺便探索了一下SummarizedExperiment对象。

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R||R语言基础（三）_R包

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部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com/s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw

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TCGA数据挖掘（一）：TCGAbiolinks包介绍

r 语言数据库 sql

肿瘤基因组图谱（TCGA）计划是由美国National Cancer Institute（NCI）和National Human Genome Research Institute（NHGRI）于2006年联合启动的项目，研究的癌症类型从最开始的多形性成胶质细胞瘤（GBM）到现在为止共有39种，涉及29种癌症器官，1万多个肿瘤样本，27万多份文件，当然其项目也将于2017年接近尾声。

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R语言 | R包安装及向量

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本期R语言教程，暂定分为两大部分：第一部分为“R语言快速入门和数据处理”，第二部分为“R语言可视化及绘图”。

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TCGAbiolinks包帮助文档（英文版）

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函数名称描述 colDataPrepare Create samples information matrix for GDC samples gaiaCNVplot Creates a plo

DoubleHelix

2019/08/07

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TCGA数据下载—TCGAbiolinks包参数详解

数据库 sql linux

最近才开始使用TCGAbiolinks这个包从TCGA数据库官网下载数据，发现很多参数不知道去哪里找，所以就查找资料总结了一下。以下载肝脏肝细胞癌（LIHC）的count值为例，下载数据最主要的一个函数是GDCquery()。我们在R里运行：

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2019/05/13

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R语言包_Matrix

matrix 数据

稀疏矩阵在数据稀疏的情况下节省了空间 library(Matrix) m1 <- matrix(0, nrow = 1000, ncol = 1000) m2 <- Matrix(0, nrow = 1000, ncol = 1000, sparse = TRUE) m3 <- Matrix(0, nrow = 1000, ncol = 1000) m4 <- Matrix(0, nrow = 1000, ncol = 1000, sparse = F) object.size(m1) # 8000200

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R语言包_gbm

glm models regression 博客内存

gbm效果和randomForest相近，但是占用内存更少，且支持多核crossValidation运算。

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2019/05/26

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R语言包_knitr

html markdown

科学研究中，可重复性相当重要，即结果能够被复现。 knitr之前，学者们通常通过简单的图片和文字组合交流信息，这种方式效率极低，一方面不利于相互的理解交流，另一方便不利于修改。

用户1147754

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R语言包_manipulate

shiny

可以制作动态交互图标，比shiny简单一些。 #Basic Usage library(manipulate) manipulate(plot(1:x), x = slider(1, 100)) #Slider Control manipulate( plot(cars, xlim=c(0,x.max)), x.max=slider(15,25)) #Picker Control manipulate( barplot(as.matrix(longley[,factor]),

用户1147754

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R语言包_plyr

javascript

不再是循环，而是向量操作，这个包的目的是简化apply类函数。其相当于split和apply函数的整合。

用户1147754

2019/05/26

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R语言包_lubridate

python

Other functions that work with intervals include int_start, int_end, int_flip, int_shift, int_aligns, union, intersect, setdiff, and %within%.

用户1147754

2019/05/26

1.3K0

R语言之基本包

变量对象函数数据搜索

在实际的数据分析中，分析者往往需要花费大量的精力在数据的准备上，将数据转换为分析所需要的形式。遗憾的是，大多数统计学教材很少涉及这一重要问题。整理数据是统计学的任务之一。我们开始关注 R 中最常用的数据格式——数据框的基本操作。我们将首先使用基本包处理数据框。

timerring

2023/10/13

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R语言之 dplyr 包

dplyr 变量对象函数数据

这个包以一种统一的规范更高效地处理数据框。dplyr 包里处理数据框的所有函数的第一个参数都是数据框名。

timerring

2023/10/13

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生信代码：差异分析（TCGAbiolinks包）

html

引言：上一期（这里可到达上一期）我们利用得到的肝癌的数据，进行了预处理，得到了最终的表达矩阵TCGA_LIHC_final.csv，今天我们的主要任务就是进行差异表达分析。此外，还会顺带讲两个进行富集分析和聚类分析的函数。

科研菌

2021/01/12

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R语言入门之R包的安装

git github r 语言开源 https

R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。其中前三种都是利用代码直接自动化下载并安装，最后一种需要手动下载并安装。接下来我将和大家分享R包的具体安装：

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新版TCGAbiolinks包学习：可视化

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新版TCGAbiolinks包学习：表达矩阵提取（mRNA/lncRNA/counts/tpm/fpkm）

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新版TCGAbiolinks包学习：批量下载数据

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TCGAbiolinks不仅是数据下载，它能访问、下载全部的TCGA数据（除了受限制的），用它下载的数据是最新最全的！这和直接去GDC官网，使用网页下载的方式是一样的。

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