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社区首页 >问答首页 >逻辑回归法rank基因的时候报错,后面标记基因的表以及所属的细胞是怎么的出来的?

逻辑回归法rank基因的时候报错,后面标记基因的表以及所属的细胞是怎么的出来的?

提问于 2021-11-02 15:54:27
回答 0关注 0查看 182

老师您好,

我跑到sc.tl.rank_genes_groups(adata, 'leiden', method='logreg')这句的时候总是出错,错误提示:

ranking genes

C:\Users\81085\PycharmProjects\Brean_Sparta_scRNA_sequencing\venv\lib\site-packages\sklearn\linear_model\_logistic.py:818: ConvergenceWarning: lbfgs failed to converge (status=1):

STOP: TOTAL NO. of ITERATIONS REACHED LIMIT.

Increase the number of iterations (max_iter) or scale the data as shown in:

https://scikit-learn.org/stable/modules/preprocessing.html

Please also refer to the documentation for alternative solver options:

https://scikit-learn.org/stable/modules/linear_model.html#logistic-regression

extra_warning_msg=_LOGISTIC_SOLVER_CONVERGENCE_MSG,

finished (0:00:06)

不知道怎么解决。

另外,不知道后面那个标记基因的表是怎么得来的,用什么代码吗?还有后面的所属细胞是在哪里找到?

期待回复,感谢!

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