在Linux上安装nloptr
我正在尝试将R包nloptr安装在一台没有互联网连接的CentOS Linux机器上，如下所示：
install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", repos = NULL, type="source")此命令依次在线查找以下文件
http://ab-initio.mit.edu/nlopt/nlopt-2.4.2.tar.gz但是，由于没有到机器的互联网连接，此操作将失败。
我尝试了下面的stackoverflow帖子中的建议：
trouble with Installing nloptr by locally on Ubuntu
我在配置和configure.ac文件中更改了URL，如下所示：
NLOPT_URL="file:///home//ravi//${NLOPT_TGZ}"但是，当我再次尝试安装该软件包时，出现以下错误：
> install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", repos = NULL, type="source")
* installing *source* package 'nloptr' ...
files 'configure', 'configure.ac' have the wrong MD5 checksums
ERROR: 'configure' exists but is not executable -- see the 'R Installation and Administration Manual'
* removing '/opt/vertica/R/library/nloptr'
Warning message:
In install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", :
installation of package '/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz' had non-zero exit status有没有人可以指导我如何在本地安装这个R包？
更新1
根据Dirk关于首先安装nlopt的建议，我遵循了以下页面中的说明：
http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Installation
我按如下方式安装了nlopt：
./configure --enable-shared
make
make install
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/lib当我尝试在R中重新安装nloptr时，它不再寻找nlopt链接，而是抛出以下错误：
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/opt/vertica/R/library/nloptr/libs/nloptr.so':
/opt/vertica/R/library/nloptr/libs/nloptr.so: undefined symbol: nlopt_set_maxtime
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing '/opt/vertica/R/library/nloptr'
Warning message:
In install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", :
installation of package '/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz' had non-zero exit status更新2
按照Dirk的建议，我研究了ldconfig命令并使用了以下引用：
http://codeyarns.com/2014/01/14/how-to-add-library-directory-to-ldconfig-cache/
我编辑了/etc/ld.so.conf文件，添加了包含共享库的/usr/local/lib目录，并运行了ldconfig命令。添加了相关的共享库，如下所示：
libnlopt.so.0 (libc6,x86-64) => /usr/local/lib/libnlopt.so.0
libnlopt.so (libc6,x86-64) => /usr/local/lib/libnlopt.so但是，当我尝试重新安装nloptr包时，仍然得到相同的共享对象错误。
有人能在共享库错误上给我指点一下吗？
回答 8
Stack Overflow用户
发布于 2015-04-18 19:55:54
当您说这个命令反过来在线查找下面的文件时，您只得到了一半的信息。与实际nloptr包的维护者Jelmer一起，我修改了包以执行以下操作：
- 查找安装的libnlopt库，如果找到，则使用它；如果找不到，则返回到旧的行为并下载库
因此您可以通过以下方式安装nlopt
sudo apt-get install libnlopt-dev(或从U盘指向文件的等效sudo dpkg -i /media/....等pp)，然后重新安装nloptr包。它会正常工作的。在我的机器上：
edd@max:~$ install.r nloptr ## install.r is in littler
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/nloptr_1.0.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 353942 bytes (345 KB)
==================================================
downloaded 345 KB
* installing *source* package ‘nloptr’ ...
** package ‘nloptr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for g++... g++
checking whether the C++ compiler works... yes
checking for C++ compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ accepts -g... yes
checking how to run the C++ preprocessor... g++ -E
checking whether we are using the GNU C++ compiler... (cached) yes
checking whether g++ accepts -g... (cached) yes
checking for pkg-config... yes
configure: Now testing for NLopt header file.
[...]
checking for nlopt.h... yes
configure: Suitable NLopt library found.
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -c dummy.cpp -o dummy.o
gcc -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O3 -Wall -pipe -pedantic -std=gnu99 -c nloptr.c -o nloptr.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o nloptr.so dummy.o nloptr.o -lnlopt -lm -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/nloptr/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (nloptr)
The downloaded source packages are in
‘/tmp/downloaded_packages’
edd@max:~$ 注意，在找到nlopt安装后，它如何从实际的R包中仅编译了两个文件。
Stack Overflow用户
发布于 2015-05-05 15:58:40
我遇到了完全相同的问题，在一台没有直接Internet访问的生产机器上，使用Red Hat Enterprise Linux Server release 6.6 (圣地亚哥)。上面提出的修复方法不起作用:当在系统上安装nlopt库时，随后尝试安装nloptr失败，并出现"nlopt_set_maxtime“错误。我试图修改nlopt的编译选项，但无济于事。我甚至在一台连接了互联网的Ubuntu机器上重现了这个问题:我卸载了nloptr，在系统上安装了nlopt，然后nloptr安装失败。
最后，我通过以下步骤解决了这个问题：
- 从操作系统卸载nlopt (确保彻底下载nlopt-2.4.2.tar.gz并将其复制到/tmp/
- 手动将nloptr_1.0.4.tar.gz下载到工作目录并解压缩；这将创建目录"nloptr/".
- Edit“nloptr/nloptr_1.0.4.tar.gz”，注释掉该行
$("${R_HOME}/bin/Rscript“--vanilla -e "download.file(url='${NLOPT_URL}'，destfile='${NLOPT_TGZ}')")
并插入新行：
$("${R_HOME}/bin/Rscript“--vanilla -e "file.copy(from='/tmp/nlopt-2.4.2.tar.gz'，to='${NLOPT_TGZ}')")
- Install with "R CMD INSTALL nloptr”。
Stack Overflow用户
发布于 2016-09-20 23:15:00
我在Ubuntu上也遇到过类似的问题。除了以Dirk answered身份安装nlopt-dev之外，我还必须安装pkg-config：
sudo apt-get install pkg-config希望这能有所帮助。
https://stackoverflow.com/questions/29716857
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