问PHP set_time_limit没有效果

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我有一个非常痛苦的缓慢脚本，它从MySQL获取大量数据，并从中创建一个大型报告，最后作为应用程序/强制下载提供给用户。

长话短说，在生产服务器上，它一直在大约30秒后终止(相当一致)，并输出一个空文件。在开发服务器上，它工作得很好，但它的执行时间要长得多--大约90秒。为了“安全”，我将php.ini文件设置为max_execution_time = 2000，并在脚本的开头运行set_time_limit(4000) (数字远远超出了预期的完成时间，但只是为了确保；)。

是什么原因导致我的web服务器忽略了我设置的时间限制，并在30秒后退出？

编辑:我确定的一件事是，代码的MySQL部分需要8-9秒才能完成，而且每次都成功地通过了这一点。