向Seurat对象添加元数据
我正在使用一个名为"Seurat“的R包进行单细胞RNA-Seq分析。我正在尝试将有关单个细胞样本的元数据信息添加到Seurat对象中。但下游绘图命令不起作用。我想知道是否有人知道我如何检查修改后的Seurat对象，以确认元数据已添加到正确的槽和列中。
为了添加元数据，我使用了以下命令。
首先，我从Seurat对象中提取了单元格名称
> Cells <- WhichCells(seurat_object)然后，我使用数字1-3创建了一个从形态上确定的细胞类型的列表。注意:这个列表要长得多，但在这里缩写为第一个3
> MorphCellTypes = c(1,2,3)然后，我将cells和MorphCellTypes合并为一个data.frame
> MorphCellTypesDF = data.frame(Cells, MorphCellTypes)然后，我尝试使用以下命令将这个seurat元数据添加到MorphCellTypesDF对象中，并成功运行
> AddMetaData(Sleuth_object, MorphCellTypesDF, col.name = MorphCellTypes然后，我尝试使用下面的命令用TSNEPlot来可视化它
> TSNEPlot(pbmc, do.label = TRUE, pt.size = 3, group.by = MorphCellTypes这将返回以下错误：
“Error in DimPlot(object, reduction.use = "tsne", cells.use = cells.use, :
object 'MorphCellTypes' not found”因此，我认为我要么将元数据添加到我的seurat对象中的错误位置，要么以某种方式搞乱了col.name。无论哪种方式，我似乎都没有正确地使用AddMetaData或TSNEPlot()函数。如果您偶然发现了这个错误，或者可以给我一个如何使用AddMetaData的例子，我们将不胜感激。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2017-02-18 02:13:35
经过多次尝试和错误，我找到了一种成功添加实验元数据列的方法。诀窍是在添加数据时保持来自Seurat对象的正确格式。为此，我复制了pbmc@data.info表，然后通过向其中添加一列来对其进行修改。然后将修改后的表导回到Seurat中。下面的代码将一列随机数添加到pbmc@data.info插槽中的Seurat对象。然后，它使用可视化测试此数据的添加。
CellsMeta = pbmc@data.info
head(CellsMeta)
randomnumbers <- runif(2700, 0.0, 1.1)
CellsMeta["Gene_IDs"] <- randomnumbers
head(CellsMeta)
CellsMetaTrim <- subset(CellsMeta, select = c("Gene_IDs"))
head(CellsMetaTrim)
pbmc <- AddMetaData(pbmc, CellsMetaTrim)
head(pbmc@data.info)
VlnPlot(pbmc, c("nGene", "nUMI", "Gene_IDs"), nCol = 3)Stack Overflow用户
发布于 2018-11-10 02:03:54
传递给AddMetaData()中的元数据参数的必须是行名与pbmc@meta.data中的行名匹配的数据帧。我猜测您的MorphCellTypes对象不满足这两个要求，这就是导致错误的原因。
从AddMetaData()的文档中：
元数据:数据框中的行名是单元格名称(注意:这些名称必须与object@cell.names中的项完全对应)，列是附加元数据项。
https://stackoverflow.com/questions/42279766
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