在cytoscape网络中映射节点大小并添加图例
在cytoscape网络中映射节点大小并添加图例
提问于 2018-04-13 17:59:35
我使用python中的networkx包构建了多个网络，每个网络代表一个生物实验。然后我将这些网络导出为gml文件，以便在cytoscape中可视化并进行比较。在每个文件中，我都有两个节点属性--即count和color。在cytoscape中，我将节点大小分配给它的计数。然而，节点计数之间存在巨大的差异，例如，一些节点的计数为100，而另一些节点的计数为50,000。我希望将所有cytoscape网络中所有节点的大小映射到一个比例，并有一个图例来指示相对大小。下面图像的右侧显示了一个示例！我希望你能帮助我！
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回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-04-20 00:00:58
问题第一部分的答案是构造一个log(count)列。这应该会给你一个更好的映射到节点大小的范围。
在名为“Create legend ...”的命令中创建图例的最佳“传送”解决方案。在样式控制面板弹出菜单中找到。这会导出一个图形文件，但并没有做好足够的工作。我正在开发一款名为legend Creator的应用程序，它将为图例添加注释。它是在github/cytoscape repo上开发的。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/49814286
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