如何为ggforest解决“未定义的选定列”错误？
如何为ggforest解决“未定义的选定列”错误？
提问于 2020-07-12 16:31:23
如何解决选中未定义列的错误？我装上了救生员和求生包。
cox4<- coxph(formula= Surv(LOS,Mortality)~ BNPcat+HF_dx+Age+Sex+BMI+
Admit_QTc+FI02_comb+Admit_Lactate,data=DF)
ggforest(cox4)> cox4
Call:
coxph(formula = Surv(LOS, Mortality) ~ BNPcat + HF_dx + Age +
Sex + BMI + Admit_QTc + FI02_comb + Admit_Lactate, data = DF)
coef exp(coef) se(coef) z p
BNPcat1 0.9030311 2.4670696 0.9888592 0.913 0.3611
HF_dx1 0.8819918 2.4157065 0.8519562 1.035 0.3005
Age 0.0479344 1.0491018 0.0284893 1.683 0.0925
Sex1 0.3792915 1.4612490 0.7020620 0.540 0.5890
BMI 0.0250854 1.0254027 0.0319454 0.785 0.4323
Admit_QTc -0.0006391 0.9993611 0.0060206 -0.106 0.9155
FI02_comb 0.0204957 1.0207072 0.0101321 2.023 0.0431
Admit_Lactate 0.2433651 1.2755342 0.1112036 2.188 0.0286
Likelihood ratio test=21.33 on 8 df, p=0.006311
n= 71, number of events= 13
(62 observations deleted due to missingness)
> ggforest(cox4)
Error in `[.data.frame`(cbind(allTermsDF, coef[inds, ]), , c("var", "level", :
undefined columns selected
In addition: Warning message:
In .get_data(model, data = data) :
The `data` argument is not provided. Data will be extracted from model fit.回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2020-07-22 00:19:26
我遇到了同样的问题。我解决了这个问题，用以前的版本替换了"broom“的R包。
Stack Overflow用户
发布于 2020-08-05 18:44:26
在coxph-function中使用as.factor()时，我遇到了同样的问题：
cox0x<-coxph(formula=Surv(SurvTime.full,state.full=="1") ~ as.factor(PreSur), data=data1)
ggforest(cox0x, data=data1)
Error in `[.data.frame`(x, i, j) : undefined columns selected值得注意的是，当在coxph中使用时，我的变量PreSur已经是一个因素。然而，在我的例子中避免使用as.factor()解决了这个问题：
cox0x<-coxph(formula=Surv(SurvTime.full,state.full=="1") ~ PreSur, data=data1)
ggforest(cox0x, data=data1)
然而，我意识到这不是解决美国广播公司问题的办法，因为他们在代码中没有使用as.factor()。不过，这可能会对其他人有所帮助。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/62858854
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