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问从ArviZ的`from_pymc3`获取了`AttributeError`
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Stack Overflow用户

提问于 2021-08-11 01:56:46

回答 1查看 117关注 0票数 1

我正在通过Bayesian Analysis with Python这本书学习贝叶斯推理。但是，在使用plot_ppc时，我得到了AttributeError和警告

/usr/local/Caskroom/miniconda/base/envs/kaggle/lib/python3.9/site-packages/pymc3/sampling.py:1689: UserWarning: samples参数小于nchains乘以ndraws，一些绘制和/或链可能不会在返回的后验预测样本warnings.warn(

该模型是

shift = pd.read_csv('../data/chemical_shifts.csv')

with pm.Model() as model_g:
    μ = pm.Uniform('μ', lower=40, upper=70)
    σ = pm.HalfNormal('σ', sd=10)
    y = pm.Normal('y', mu=μ, sd=σ, observed=shift)
    trace_g = pm.sample(1000, return_inferencedata=True)

如果我使用以下代码

with model_g:
    y_pred_g = pm.sample_posterior_predictive(trace_g, 100, random_seed=123)
    data_ppc = az.from_pymc3(trace_g.posterior, posterior_predictive=y_pred_g) # 'Dataset' object has no attribute 'report'

我得到'Dataset‘对象没有属性'report’。

如果我使用以下代码

with model_g:
    y_pred_g = pm.sample_posterior_predictive(trace_g, 100, random_seed=123)
    data_ppc = az.from_pymc3(trace_g, posterior_predictive=y_pred_g) # AttributeError: 'InferenceData' object has no attribute 'report'

我得到了报告：'InferenceData‘对象没有’AttributeError‘属性。

ArviZ版本: 0.11.2 PyMC3版本: 3.11.2 Aesara/Theano版本: 1.1.2 Python版本: 3.9.6操作系统: MacOS Big Sur您是如何安装PyMC3: conda的

arviz

python

bayesian

pymc3

Stack Overflow用户

发布于 2021-08-11 04:27:07

您正在将return_inferancedata=True传递给pm.sample()，根据PyMC3 documentation，它将返回InferenceData对象而不是MultiTrace对象。

return_inferencedatabool, default=False

    Whether to return the trace as an arviz.InferenceData (True) object or a MultiTrace (False) Defaults to False, but we’ll switch to True in an upcoming release.

然而，from_pymc3函数是expects a MultiTrace object。

好消息是from_pymc3将返回一个InferenceData对象，因此您可以通过以下两种方法之一来解决此问题：

最简单的解决方案是简单地删除from_pymc3调用，因为它会返回InferenceData，由于return_inferencedata=True.
Set return_inferencedata=False (您也可以删除该参数，但是文档中声明将来它将默认为True，因此为了证明将来最好将其显式设置为False)。这将返回一个可以传递给from_pymc3.

的MultiTrace

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/68735173

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