如何建造一个Seurat容器？
我在试着分析Seurat的单细胞RNAseq数据。
最近，我遇到了码头生态系统，似乎非常可复制。我试过三种礼节，但都失败了。你有什么想法或好消息吗？
环境：
- PC:表面Laptop2
- OS: Windows10 + WSL2
- Docker:用于Windows的Docker桌面
- DockerImages：摇滚歌手/rstudio，塞萨拉布/苏拉特
1.通过installer2.r命令构建安装Seurat包的rocker/tidyverse容器。
这是一个Dockerfile。
FROM rocker/tidyverse
RUN apt update
# install Seurat package via a install2.r liner
RUN install2.r Seurat --error --deps TRUE --skipinstalled --ncpus -1这是一个码头公司的文件。
version: '3'
services:
rocker:
build:
context: .
dockerfile: ./Dockerfile
container_name: rocker
hostname: rocker
ports:
- '8787:8787'
environment:
- PASSWORD=pass但
Docker-compose up --build返回错误。总之，“一个或多个包的安装失败，可能是‘Cairo’，‘mutoss’，‘ggrastr’，‘metap’”。
2.构建安装RStudio-server的Seurat容器。
这是一个Dockerfile。
FROM satijalab/seurat:latest
RUN apt update
# install prerequisites
RUN apt install -y \
ca-certificates \
libssl-dev \
libcurl4-openssl-dev \
libxml2-dev \
libssh2-1-dev
# install rstudio-server for Ubntu20
RUN wget https://download2.rstudio.org/server/debian9/x86_64/rstudio-server-2021.09.2-382-amd64.deb
RUN apt install -y ./rstudio-server-2021.09.2-382-amd64.deb
RUN rm rstudio-server-2021.09.2-382-amd64.deb这是一个码头公司的文件。
version: '3'
services:
seurat:
build:
context: .
dockerfile: ./Dockerfile
container_name: seurat
hostname: seurat
ports:
- '0.0.0.0:8787:8787'
environment:
- PASSWORD=pass
tty: true
stdin_open: true它成功地创建了一个容器。然后我访问了"http://localhost:8787/"，它返回了“ERR_EMPTY_RESPONSE，我怀疑rstudio没有运行。
docker exec -it seurat bash然后
rstudio-server start它返回“/usr/lib/rstudio/bin/rserver:在加载共享库时出错: libssl.so.1.0.2:无法打开共享对象文件:没有这样的文件或目录。”
似乎出现了libssl包版本错误。我改变了码头的文件，
RUN apt install -y libssl-dev到，
RUN apt install -y libssl1.0.2但它没有返回任何发现错误的包。
3.建造摇臂/潮汐容器。登录到RStudio服务器。install.packages("Seurat")
简单地说，我可以通过访问localhost:8787构建并登录到rocker/tidyverse容器。
然后我试着安装Seurat软件包
install.packages("Seurat")乍一看，安装似乎成功了。但
library(Seurat)回来了，
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/igraph/libs/igraph.so':
libglpk.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2022-02-13 19:37:28
Satija实验室已经构建了带有Rocker+Seurat的码头集装箱，所以如果你只是在学习Docker，最好使用他们的图像。否则，它们的Dockerfile可在GitHub上使用。
https://stackoverflow.com/questions/71098052
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