如何将rdkit DrawMorganBit输出保存为图像？
如何将rdkit DrawMorganBit输出保存为图像？
提问于 2022-07-14 10:24:14
代码：
import numpy as np
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw, AllChem, PandasTools, DataStructs
mol = Chem.MolFromSmiles('O=C1N([C@@H](C)C2CC2)CC3=CC(C4=C(C)N=C(NC(C)=O)S4)=CC(S(=O)(C)=O)=C31')
bi = {}
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, radius=3, bitInfo=bi)
fp_arr = np.zeros(1,)
DataStructs.ConvertToNumpyArray(fp, fp_arr)
fp_arr = np.nonzero(fp_arr)[0]
for ar in fp_arr:
img = Draw.DrawMorganBit(mol, ar, bi, useSVG=True)
img.save("submol.png")我想用DrawMorganBit创建一个图像来了解分子的指纹位是如何产生的。(使用PyCharm代替木星笔记本)然而，出现了两个问题: kekulize问题和图像存储问题。我不知道是什么导致了kekulize问题以及如何保存DrawMorganBit图像
rdkit版本2022.3.4
误差
kekulize问题：
rdkit.Chem.rdchem.KekulizeException: Can't kekulize mol. Unkekulized atoms: 5 6 8 9 14保存问题：
AttributeError: 'str' object has no attribute 'save'回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2022-07-15 17:12:23
解决这个问题的方法可以在这里找到：https://github.com/rdkit/rdkit/issues/5129
保存映像的问题是，您试图将SVG保存为png。
使用这段代码，您应该会得到一个包含所有MorganBits的图像。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdMolDescriptors, Draw
drawOptions = Draw.rdMolDraw2D.MolDrawOptions()
drawOptions.prepareMolsBeforeDrawing = False
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
mol = Chem.MolFromSmiles('O=C1N([C@@H](C)C2CC2)CC3=CC(C4=C(C)N=C(NC(C)=O)S4)=CC(S(=O)(C)=O)=C31')
bi = {}
fp = rdMolDescriptors.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, radius=2, bitInfo=bi)
tpls = [(mol, x, bi) for x in fp.GetOnBits()]
p = Draw.DrawMorganBits(tpls, molsPerRow=5, legends=[str(x) for x in fp.GetOnBits()], drawOptions=drawOptions)
p.save('submol.png')页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/72979007
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