使用转换读取R中的.h5ad文件
使用转换读取R中的.h5ad文件
提问于 2022-10-27 16:38:24
我正试图在我的.h5ad中读取一个RStudio文件。
我首先使用.h5ad函数将.h5Seurat文件转换为library(SeuratDisk)文件。
我的尝试的代码可以在这里找到：
> library(Seurat)
> library(SeuratDisk)
> Convert("train.h5ad", "train.h5Seurat")
Warning: Unknown file type: h5ad
Warning: 'assay' not set, setting to 'RNA'
Creating h5Seurat file for version 3.1.5.9900
Adding X as data
Adding X as counts
Adding meta.features from var
Adding X_Compartment_tSNE as cell embeddings for Compartment_tSNE
Adding X_tSNE as cell embeddings for tSNE
Adding layer counts as data in assay counts
Adding layer counts as counts in assay counts
> train_seurat <- LoadH5Seurat("train.h5Seurat")
Validating h5Seurat file
Error: Ambiguous assays我试图读取的数据可以在这里找到：https://drive.google.com/drive/folders/1cXYoKNU9qY0f1bbYNh2uykWG6juVJln7
补充一句，我试过：
> train_seurat <- LoadH5Seurat("train.h5Seurat", assays = "RNA")但我也面临着同样的问题。想尽快找到什么东西。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2022-10-28 05:34:06
请尝试anndata库，但请注意，数据类型不会如您所希望的那样是seurat。它将是一个anndata类对象。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/74225457
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