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问在for循环期间在R中retreive对象名
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Stack Overflow用户

提问于 2020-05-18 14:26:52

回答 1查看 804关注 0票数 0

我正在研究Seurat上的单细胞rna-seq，我试图在Seurat对象上做一个for()循环，绘制几个平均基因表达的热图。

for(i in c(seuratobject1, seuratobject2, seuratobject3)){
  cluster.averages <- data.frame(AverageExpression(i, features = genelist))
  cluster.averages$rowmeans <- rowMeans(cluster.averages)
  genelist.new <- as.list(rownames(cluster.averages))
  cluster.averages <- cluster.averages[order(cluster.averages$rowmeans),]
  HMP.ordered <- DoHeatmap(i, features = genelist.new, size = 3, draw.lines = T)
  ggsave(HMP.ordered, file=paste0(i, ".HMP.ordered.png"), width=7, height=30)

ggsave行不工作，因为它将I作为seurat对象。因此，我的问题是:如何使ggsave()使用存储在"i“中的seurat对象的名称？

我试着代替(我)和离开(代替(我))取得成功。

for-loop

seurat

ggsave

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-05-18 14:30:43

简短的回答:你不能。

很长的答案:使用substitute或类似的方法来获取i的名字会给你…。*i。(对于函数参数，这是不同的，其中substitute(arg)给出了调用的参数表达式。)

您需要使用命名向量代替。理想情况下，首先要将Seurat对象放在列表中。但是要动态创建这样的列表，可以使用get

names = c('seuratobject1', 'seuratobject2', 'seuratobject3')

for(i in names) {
    cluster.averages <- data.frame(AverageExpression(get(i), features = genelist))
    # … rest is identical …
}

尽管如此，我通常强烈反对使用get并将本地环境视为数据结构。列表和向量被设计成用于这种情况。

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/61871878

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