我正在尝试下载R中的软件包"Seurat“,这个包已经安装,现在它在我的软件包列表中。
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (patchwork)
The downloaded source packages are in
‘C:\Users\parnian\AppData\Local\Temp\RtmpAVgSd8\downloaded_packages’但是,当我试图调用它(库(Seurat))时,我会得到以下错误:
> library(Seurat)
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’:
object ‘wrap_plots’ is not exported by 'namespace:patchwork'我阅读了类似的问题,并手动安装了“拼贴”:
> install.packages("patchwork")
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:
https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/
Installing package into ‘C:/Users/parnian/Documents/R/win-library/4.0’
(as ‘lib’ is unspecified)R还告诉我安装我拥有的Rtools,但是当我遵循以下命令时:
> writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")rtools40 40/home中没有更多的文件夹。我不明白.在上面的地址。但是,当我想验证是否可以找到make (Sys.which("make"))时,我得到以下信息:
> Sys.which("make")
make
""此外,下载的Seurat包保存在一个位置,甚至不存在于我的电脑!那件事怎么可能?我怎么才能解决这个问题?
谢谢
发布于 2020-05-06 20:30:25
我也有同样的问题。结果发现,在R中有两个“拼凑”包。我从这里提供的答案中得到了提示,这就是问题所在(https://github.com/satijalab/seurat/issues/2818)
另一个补丁的最新版本为2.4。因此,您应该做的是卸载当前的修补程序并使用
devtools::install_github("thomasp85/patchwork")
我做了这个,它解决了问题!
https://stackoverflow.com/questions/61581829
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