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问在R中，cor和cor.test的区别是什么？
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Stack Overflow用户

提问于 2013-02-02 10:47:11

回答 1查看 8.9K关注 0票数 5

我有一个数据框架，它的列是一个实验的不同样本。我想找出这些样本之间的相关性。因此，样本v2与v3、样本v2与v4、.这是数据框架：

> head(t1)
      V2          V3          V4         V5         V6
1 0.12725011 0.051021886 0.106049328 0.09378767 0.17799444
2 0.86096784 1.263327211 3.073650624 0.75607466 0.92244361
3 0.45791031 0.520207274 1.526476608 0.67499102 0.49817761
4 0.00000000 0.001139721 0.003158557 0.00000000 0.00000000
5 0.13383965 0.098943019 0.099922146 0.13871867 0.09750611
6 0.01016334 0.010187671 0.025410170 0.00000000 0.02369374
> nrow(t1)
[1] 23367

如果我运行这个数据帧的cor函数来获取样本(列)之间的相关性，那么我得到所有样本的NA：

> cor(t1, method= "spearman")
V2 V3 V4 V5 V6
V2  1 NA NA NA NA
V3 NA  1 NA NA NA
V4 NA NA  1 NA NA
V5 NA NA NA  1 NA
V6 NA NA NA NA  1

但如果我负责这个：

> cor.test(t1[,1],t1[,2], method="spearman")$estimate
rho 
0.92394

这是不同的。为何会这样呢？什么是正确的方法来获得这些样本之间的相关性？提前谢谢你。

correlation

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2013-02-02 10:56:50

您的数据包含NA值。

来自?cor

如果使用是“一切”，那么NAs就会在概念上传播，也就是说，当它的贡献之一是NA时，结果值将是NA。

来自?cor.test

na.action是一个函数，它指示当数据包含NAs时应该发生什么。默认为getOption("na.action")。

在我的系统里：

getOption("na.action")
[1] "na.omit"

使用which(!is.finite(t1))搜索有问题的值，使用which(is.na(t1))搜索NA值。如果数据中有cor值，则cor返回Inf。

票数 6

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/14661072

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