如何加载作为tiff文件保存的二进制轮廓的XY坐标？
如何加载作为tiff文件保存的二进制轮廓的XY坐标？
提问于 2017-10-10 22:43:41
我使用R包Momocs来比较我在ImageJ中跟踪的形状的轮廓，并将其保存为二进制图像序列。例如：蜗牛齿的一个轮廓。Momocs需要一个X和Y坐标的矩阵，我很难从图像转换到坐标。
一方面: ImageJ可以选择将.XY坐标，但这只适用于选择。我可以使用魔杖工具来选择轮廓，但它包围了一个像素宽的轮廓，例如一条直线将有一个长方形的坐标，描述直线的两侧。这让我在双视(一颗牙齿近距离的图像例子)上看到了我的蜗牛牙，可能会对分析产生不利影响。
另一方面: Momocs有一个import_jpg1命令，但是当我将图像转换为jpegs (或者从头开始制作jpegs )时，它们最终会以浅色像素作为轮廓周围的噪声。我尝试了包tiff和rtiff，但是它们的输出不是tiff黑色部分的XY坐标，而且我对输出还不太熟悉，无法理解如何将它们转换为XY坐标。
有人能帮我做一个(或多个！)其中：
- 以
Momocs可以读取的格式将tiff上传到R - 将通过
tiff或rtiff上传的tiff数据转换为Momocs可以读取的格式 - 获取二进制图像tiff中所有黑色像素的XY坐标矩阵。
- 将二进制图像tiff转换为二进制图像jpeg。
提前感谢您的帮助！
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-10-12 20:35:14
通过指定which，您可以很容易地提取满足某些标准的像素的XY坐标矩阵，并使用R的函数arr.ind=TRUE。为了说明这种方法，我使用生物导体包http://www.bioconductor.org/packages/EBImage直接从提供的URL加载示例PNG文件。readImage是R包( jpeg、png和tiff )中提供的函数的包装器，因此除了png之外，它还会打开JPEG和TIFF文件。
### Install EBImage
# source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# biocLite("EBImage")
img <- EBImage::readImage("https://i.stack.imgur.com/ZFTxu.png")
mat <- which(img==0, arr.ind=TRUE, useNames=FALSE)
head(mat)
## [,1] [,2]
## [1,] 121 53
## [2,] 120 54
## [3,] 118 55
## [4,] 119 55
## [5,] 117 56
## [6,] 116 57EBImage提供了广泛的工具来处理R中的图像数据，这可能是您感兴趣的，例如操作、过滤和显示图像的功能。有关概述，请参见包格列奈特。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/46677109
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