无法使用python + h5py访问外部链接
最近，我已经开始使用.hdf5文件，但仍然无法找到正确使用外部链接的方法。
我有一些.hdf5文件。每个文件具有相同的结构，例如相同的键和数据类型。我想将它们合并到一个文件中，但是对每个文件使用不同的键将它们分开。
我要做的是：
myfile = h5py.File("/path_to_the_directory/merged_images.hdf5", 'w')
myfile['0.000'] = h5py.ExternalLink("img_000.hdf5", "/path_to_the_directory/images")
myfile['0.001'] = h5py.ExternalLink("img_001.hdf5", "/path_to_the_directory/images")
myfile.flush()然后我试着用：
myfile = h5py.File("/path_to_the_directory/merged_images.hdf5", 'r')
keys = list(myfile.keys())
print(keys)
print(list(myfile[keys[0]]))这句话print(keys)给了我['0.000', '0.001']。所以我相信文件的结构没问题。
下面的行给了我一个例外：KeyError: "Unable to open object (unable to open external file, external link file name = 'img_000.hdf5')"
我做错了什么吗？文档非常糟糕，而且我还没有找到相关的用例。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-03-06 14:45:04
问题是你混淆了道路。区分两种路径是很重要的：
- 文件路径(硬盘驱动器上的位置)。
- 数据集路径:此路径是HDF5 5-文件的内部路径，不取决于您存储文件的位置。
正如在h5py.ExternalLink中提到的，文献资料的语法是：
myfile['/path/of/link'] = h5py.ExternalLink('/path/to/file.hdf5', '/path/to/dataset')因此，我想鼓励您使用相对文件路径作为
ExternalLink。如果您这样做，那么一切将继续工作，即使您将文件集合到一个新的位置在您的硬盘驱动器(或给予其他人)。
有了正确的路径，您的示例就可以工作了，如下所示。
请注意，为了说明我关于相对文件路径的注释，我已经将数据集的所有路径设置为绝对路径(这些路径仅是文件的内部路径，并且不依赖于文件存储在硬盘驱动器上的位置)，同时保留了文件路径相对。
import h5py
import numpy as np
myfile = h5py.File('test_a.hdf5', 'w')
myfile['/path/to/data'] = np.array([0,1,2])
myfile.close()
myfile = h5py.File('test_b.hdf5', 'w')
myfile['/path/to/data'] = np.array([3,4,5])
myfile.close()
myfile = h5py.File('test.hdf5', 'w')
myfile['/a'] = h5py.ExternalLink('test_a.hdf5', '/path/to/data')
myfile['/b'] = h5py.ExternalLink('test_b.hdf5', '/path/to/data')
myfile.close()
myfile = h5py.File('test.hdf5', 'r')
keys = list(myfile.keys())
print(keys)
print(list(myfile[keys[0]]))
print(list(myfile[keys[1]]))
myfile.close()印刷品(如预期)：
['a', 'b']
[0, 1, 2]
[3, 4, 5]https://stackoverflow.com/questions/55018875
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