生成随机稀疏矩阵
生成随机稀疏矩阵
提问于 2019-05-28 18:44:23
我正在处理大型矩阵--按10^8列和10^3-10^4行的顺序处理。由于这些矩阵只是1和零(超过99%的零)，我认为Matrix包中的稀疏结构是合适的。但是，我没有看到像下面的例子那样生成随机矩阵的方法。注意，非零项是由列概率col_prob定义的。
set.seed(1) #For reproducibility
ncols <- 20
nrows <- 10
col_prob <- runif(ncols,0.1,0.2)
rmat <- matrix(rbinom(nrows*ncols,1,col_prob),
ncol=ncols,byrow=T)当然，我可以将rmat转换为稀疏矩阵：
rmat_sparse <- Matrix(rmat, sparse=TRUE)但是，我想在一步内生成稀疏矩阵。我不确定Matrix::rsparsematrix函数是否能做到这一点。
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发布于 2019-05-28 19:35:27
下面的函数将通过操作空白dgCMatrix对象的值来生成您要寻找的类型的稀疏矩阵。它基本上一次只创建一个rbinom行，并相应地填充@i和@p值。
library(Matrix)
randsparse <- function(nrows, ncols, col_prob) {
mat <- Matrix(0, nrows, ncols, sparse = TRUE) #blank matrix for template
i <- vector(mode = "list", length = ncols) #each element of i contains the '1' rows
p <- rep(0, ncols) #p will be cumsum no of 1s by column
for(r in 1:nrows){
row <- rbinom(ncols, 1, col_prob) #random row
p <- p + row #add to column identifier
if(any(row == 1)){
for (j in which(row == 1)){
i[[j]] <- c(i[[j]], r-1) #append row identifier
}
}
}
p <- c(0, cumsum(p)) #this is the format required
i <- unlist(i)
x <- rep(1, length(i))
mat@i <- as.integer(i)
mat@p <- as.integer(p)
mat@x <- x
return(mat)
}
set.seed(1)
randsparse(10, 20, runif(20, 0.1, 0.2))
10 x 20 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
[1,] 1 . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . .
[2,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3,] 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . 1
[4,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
[5,] . . . 1 . . . . 1 . 1 . . . . . . . . .
[6,] 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 .
[7,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[8,] . 1 . . 1 . . . . . . . 1 . . 1 . . . 1
[9,] . . 1 . . . . . 1 . . . . 1 . . . 1 . .
[10,] . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . 1 1 .页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/56348356
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