我的目标是与R执行交叉验证,第1-31列是功能,第32列是输出类。
我从.xls文件加载数据。但是我对rfeControl-function有严重的问题。请参考我的代码:
install.packages('e1071')
library(e1071)
install.packages('readxl')
library(readxl)
library(rpart)
install.packages('randomForest')
library(randomForest)
install.packages('party')
library(party)
install.packages('mlbench')
library(mlbench)
install.packages('caret')
library(caret)
#----------------------------------------------------------
# Import Data
getwd()
setwd("working_directory_name")
df <- read_excel('test_data.xls')
#----------------------------------------------------------
# Get Information on your data (optional)
str(df)
table(df$F32)
#----------------------------------------------------------
install.packages('XLConnect')
library(XLConnect)
# Recursive Feature Selection Approach
control <- rfeControl(functions=rfFuncs, method="cv", number=5)
#x = as.vector(unlist(df[, 2:29]))
#y = as.vector(unlist(df[, 32]))
# Run the algorithm (Features, Ground Truth, Testes SetSizes)
#results <- rfe(x, y, sizes=c(1:28), rfeControl=control)
results <- rfe(df[, 2:29], df[, 32], sizes=c(1:28), rfeControl=control)
# Visualize results for set sizes
print(results)
# List chosen features
predictors(results)
# plot the results
plot(results, type=c("g", "o"))
运行代码后的结果是:
控制中的
Fehler ( df,2:29,df,32,rfe.default= c(1:28),rfeControl = control):x和y中应该有相同数量的样本
我已经看过这些网站了:
1.中取消列出向量的建议对我不起作用。新的错误是:
Fehler in if (nrow(x) != length(y)) stop(“x和y中应该有相同数量的样本”):参数hat Länge 0
2.中的示例运行正常,没有任何问题:
set.seed(7)
d=data.frame(matrix(rnorm(2901*15,1,.5),ncol=15))
#something like dependent variable
dp=factor(sample(c(1,1,1,1, 1, 1,2,2,2, 3 ,3,3,4, 4, 4),2901,replace = TRUE))
# define the control using a random forest selection function
control <- rfeControl(functions=rfFuncs, method="cv", number=10)
# run the RFE algorithm
sz=50 # Change sz to 2901 for full sample
results <- rfe(d[1:sz, ], dp[1:sz], sizes=c(1:15), rfeControl=control)
# summarize the results
print(results)
plot(results, type=c("g", "o"))
在3.上面写着
y应为数字或因子向量
但是我如何将其定义为数值或因子向量呢?
这是xls文件格式:xls file format
也许问题出在我加载xls文件的方式上。
非常感谢您的建议和建议!
发布于 2018-08-15 06:41:21
也有同样的问题。将y转换为矩阵,它起作用了。
results <- rfe(df[, 2:29], as.matrix(df[, 32]), sizes=c(1:28), rfeControl=control)
发布于 2018-04-05 09:58:49
修改对rfe
的调用,如下所示:
results <- rfe(df[, 2:29], df[[32]], sizes=c(1:28), rfeControl=control)
请注意从单[]
到双[[]]
大括号的更改
https://stackoverflow.com/questions/48902732
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