Slurm作业数组错误: slurmstepd: error: execve()：Rscript:没有这样的文件或目录
Slurm作业数组错误: slurmstepd: error: execve()：Rscript:没有这样的文件或目录
提问于 2021-04-28 16:57:50
我正在尝试让一个非常基本的作业数组脚本在HPC上使用Slurm作业调度程序工作。我得到了一个错误：
slurmstepd: error: execve(): Rscript: No such file or directory这类似于this，但我没有使用任何export命令，所以这不是这里的原因。一些消息人士说，这可能与在Windows中创建这些脚本有关，因此行尾将不适用于Unix。这会是问题所在吗？如果是这样的话，我该如何检查呢？
我的shell脚本：
#!/bin/bash
# Example of running R script with a job array
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --array=1-10 # how many tasks in the array
#SBATCH --ntasks-per-node=10
#SBATCH -o hello-%j-%a.txt
#SBATCH --mail-user=user@email.address
# Load software
module load R/4.0.0-foss-2020a
# Run R script with a command line argument
srun Rscript hello.R $SLURM_ARRAY_TASK_ID脚本-hello.R为：
#!/usr/bin/env
# Rscript
# accept command line arguments and save them in a list called args
args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
# print task number
print(paste0('Hello! I am a task number: ', args[1]))回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-04-29 19:25:55
多亏了一些离线帮助，我得到了我的问题的答案。似乎我不需要在shell脚本中使用srun，而是需要在hello.R的shebang行中包含Rscript。
Shell脚本是：
#!/bin/bash
# Example of running R script with a job array
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --array=1-10 # how many tasks in the array
#SBATCH --ntasks-per-node=10
#SBATCH -o hello-%j-%a.txt
#SBATCH --mail-user=tclewis1@sheffield.ac.uk
# Load software
module load R/4.0.0-foss-2020a
# Run R script with a command line argument
Rscript hello.R $SLURM_ARRAY_TASK_ID而hello.R现在是：
#!/usr/bin/env/Rscript
# accept command line arguments and save them in a list called args
args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
# print task number
print(paste0('Hello! I am a task number: ', args[1]))页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/67296996
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