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文章/答案/技术大牛

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生信宝典

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临床基因组分析相关数据库汇总

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一、人群SNV频率数据库数据库名称网站简介 dbSNP https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ dbSNP 包含人类单核苷酸变异、微卫星和小片段插入和缺失，以及常见变异和临床突变的发表、群体频率、分子结果以及基因组和 RefSeq 映射信息。 gnomAD http://gnomad.broadinstitute.org/或http://www.gnomad-sg.org/ gnomAD（v3.1.2）基于GRCh38，其中短变异（short variant）数据集涵盖了7

2022-01-19

1.5K0

诺奖技术和高通量筛选双双找到新冠病毒的脉门

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病毒依赖于其感染的细胞进行自身复制和进一步地入侵细胞、感染其它个体（用白眼狼称呼病毒不足为过）。病毒生命周期中一个重要的环节是根据其基因组指导合成新的病毒蛋白。这依赖于病毒感染的细胞中的核糖体作为蛋白合成机器。

2022-01-18

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单个基因集富集分析泡泡图绘制

富集分析是生物信息分析中快速了解目标基因或目标区域功能倾向性的最重要方法之一。其中代表性的计算方式有两种：

2022-01-18

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一文掌握GSEA通路富集分析，超详细教程！

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生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——GSEA富集分析：从概念理解到界面实操，介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，是全网最流行的原理+操作兼备教程，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念（为了完整性，下面也会摘录一部分）。

2021-12-27

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听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析

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NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。

2021-03-10

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蜜蜂性别调控又有新机制？

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蜜蜂作为典型的群居性昆虫具有严格的劳动、繁殖分工，是研究幼虫发育和等级分化的主要模式生物。等级分化是形成蜜蜂社会性的主要原因，其主要特征是基因相同的雌蜂幼虫凭借不同的饮食可发育成工蜂或蜂王（蜂后）。等级分化的机制并不完全清楚，然而有研究表明工蜂和蜂王的不同营养状况改变了DNA甲基化模式，从而调节等级分化。但是，目前仍不清楚可逆的RNA m6A修饰是否调节等级分化。

2021-01-12

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Gut | 汤富酬研究组与付卫研究组合作揭示家族性腺瘤性息肉病的发病机制

结直肠癌在全球范围内是发病率第三、致死人数第四的恶性肿瘤(Beattie et al., 2005 ; Carey, 2017; Church, 2016)。结直肠腺瘤是结直肠癌的癌前病变，根据组织学形态可以分为低级别腺瘤和高级别腺瘤，从低级别腺瘤到腺癌的序列发生需要10年以上时间。因此，深入解析低级别腺瘤向腺癌转化的分子机制对于结直肠癌的预防、早筛和治疗都有重要意义。

2019-11-27

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画图手册 | ImageGP：今天你“plot”了吗？

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刚刚结束了本年度的最后一次扩增子课程和宏基因组课程（都是爆满，2020年的课程提前开始报名了。就看后面的转录组和单细胞课程的参与度了），数据分析得到的大部分结果都可以用ImageGP绘图展示。在运行流程之余，收到学员的反馈，说希望有一个手册来熟悉网站有哪些功能。在此之前，我们也零星收到一些关于网站的使用咨询和功能建议，因次借这次的ImageGP答疑，来给ImageGP正正名，是的，它不是imagp，也不是imap，更不是GPS（此处有个省略50字的悲伤故事）。它是ImageGP — 画个Picture。

2019-11-07

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无需写代码的高颜值富集分析神器

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富集分析是了解一个基因集功能倾向性的一个方式，在组学研究领域应用广泛。常见的有基于差异基因的Over-representation分析，也就是常说的GO、KEGG富集分析和Functional class scoring分析，如GSEA。这两种富集分析算法不同，但可以都支持同样的注释集，如GO、KEGG或其他类型的注释。基本原则只有一个：基因集的基因名字与注释集的基因名字能匹配。剩下的就是了解下原理去操作了。

2019-10-14

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这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

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Metascape（http://metascape.org/）是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中，以实现对基因或蛋白功能的认知。只需在Metascape网页几步简单的操作，就可以对大批量的基因或蛋白质进行注释、富集分析以及构建蛋白质-蛋白质互作网络。并且构建的蛋白互作网络还可以直接导出给Cytoscape使用，绘制美观、可发表的蛋白互作网络图。

2019-10-14

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这些基因的名字太有才了，研究一下都可以发10分文章

2019/10/03 修改版：这篇刚发的时候，评论里有老师补充了3个fun gene names，这次添加在了文末的表格中。时间一直在走，一个月，六个月，十年，七十年，仿佛过了很多年，感觉却只有一瞬间，新关注的朋友很多，所以想着做个“旧文新看 ”，之后也会有类似文章，欢迎各位评论，分享想法。

2019-10-10

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赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化

go 数据可视化

GOplot包用于生物数据的可视化。更确切地说，该包将表达数据与功能分析的结果整合并进行可视化。但是要注意该包不能用于执行这些分析，只能把分析结果进行可视化。在所有科学领域，由于空间限制和结果所需的简洁性，切实地去描述事物很难，所以需要将信息进行可视化，使用图片来传达信息。精心设计的图形能在更小的空间提供更多的信息。该包的设想就是能让用户快速检查大量数据，揭示数据的趋势和找出数据中的模式和相关性。

2019-07-24

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超简便的国产lncRNA预测工具LGC

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在过去几年里，研究发现long non-coding RNAs (lncRNAs)在疾病和生物调控过程中扮演着重要角色。但在大量非模式物种中lncRNA的鉴定仍是一项富有挑战性的工作。该工作需要确定的序列信息，注释信息以及构建物种特有的训练集，但具有lncRNA研究所需的足够完整的序列与注释的物种只占很少数。

2019-05-09

2K0

AI科研绘图（二）：模式图的基本画法

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经过上次对基本元素和工具的学习（AI科研绘图（一）：零基础入门和基本图形绘制），我们基本上掌握了最常用和基础的工具的用法。

2018-12-05

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