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生信宝典

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Nature|239个灵长类动物基因组的比较揭示了CRE元件的进化

数据算法数据库深度学习编码

在此研究人员构建了包含239个物种的全基因组比对，这些基因组占灵长类目中所有现存物种的将近一半。利用该资源，研究人员确立了在灵长类和其他哺乳动物中受到选择性约束的人类调控元件。例如人类中111318个DNase I酶切位点和267410个转录因子结合位点在灵长类受到选择性约束但是在其他哺乳动物中没有约束，并证明了这些元件对基因表达的cis作用。这些结果强调了作用在这些调控元件上进化力量的重要性。原文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-023-06798-8

2024-04-10

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Nature--迁移学习使得基因互作网络预测成为可能

深度学习迁移学习模型数据网络

绘制驱动疾病进展的基因调控网络，可以筛选出针对疾病的核心调控基因，从而为疾病治疗提供更有效的方法。

2023-08-30

2720

NBT | 微生物研究所王军组在AI赋能挖掘微生物组功能多肽方面获得新进展

深度学习神经网络人工智能大数据

抗生素耐药是现代医学面临的严峻挑战之一，在近几十年来，产生抗生素耐药性的病原微生物持续增加，每年在全球范围内耐药菌引发感染造成的死亡人数达到70万人。抗菌肽（AMPs）作为解决抗生素耐药性的候选方案之一，具有不易产生抗药性、作用快速等优势，同时因为容易降解也不会对环境造成持续性污染。因此，开发出能够应对抗多重耐药菌的新药物，缓解耐药问题迫在眉睫；但传统方法筛选新药的候选分子成功率较低，亟需高通量的挖掘和筛选手段。

2022-03-27

2630

王俊和尹玉新团队合作开发代谢组联合人工智能肺癌早期检测新方法

机器学习神经网络深度学习人工智能

2022年2月2日，北京大学人民医院王俊院士团队和北大-清华生命科学联合中心、北京大学基础医学院尹玉新教授团队合作在Science Translational Medicine杂志上在线发表了题为“Lung cancer scRNA-seq and lipidomics reveal aberrant lipid metabolismfor early-stage diagnosis”的研究论文，应用单细胞转录组学、血浆脂质组学、机器学习和质谱成像综合分析早期肺癌的脂代谢特征，开发了一套人工智能辅助的早期肺癌代谢检测方法，并揭示了相关的分子机制。

2022-03-27

3260

机器学习也可以在线做！

机器学习神经网络深度学习人工智能

做生信分析，Galaxy 平台应该都不陌生，里面提供了很多在线分析流程和工具，可在线使用也可以本地部署。

2022-03-27

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机器学习算法随机森林学习之决策树

编程算法决策树机器学习神经网络深度学习

随机森林实际是一堆决策树的组合（正如其名，树多了就是森林了）。在用于分类一个新变量时，相关的检测数据提交给构建好的每个分类树。每个树给出一个分类结果，最终选择被最多的分类树支持的分类结果。回归则是不同树预测出的值的均值。

2022-01-19

4030

清华姚班教师劝退文：读博，你真的想好了吗？

决策树机器学习神经网络深度学习人工智能

先简单介绍一下我的背景。我本科在University of Wisconsin-Madison，然后去CMU念了个PhD，主要研究数据库方向。目前回国在清华IIIS（姚班）做助理教授，并且 cofound 了 Singularity Data.

2022-01-18

3550

样本分布不平衡，机器学习准确率高又有什么用？

编程算法决策树机器学习神经网络深度学习

前面无论是用全部变量还是筛选出的特征变量、无论如何十折交叉验证调参，获得的模型应用于测试集时虽然预测准确率能在90%以上，但与不基于任何信息的随机猜测相比，这个模型都是统计不显著的（这一点可能意义也不大，样本不平衡时看模型整体准确性无意义）。一个原因应该是样本不平衡导致的。DLBCL组的样品数目约为FL组的3倍。不通过建模而只是盲猜结果为DLBCL即可获得75%的正确率。而FL组的预测准确率却很低。

2022-01-18

9660

基因治疗光明现，钾盐钠盐大混战；深度学习助力癌早筛，母亲多动降低后代甲基化

https 网络安全深度学习

孕期动物通过运动激活维生素D受体信号通路，进而上调胎盘中超氧化物歧化酶SOD3蛋白表达和分泌，激活胎儿肝脏细胞内AMPK/TET调控轴，引发胎儿肝脏中葡萄糖代谢相关基因启动子区域去甲基化（5mC-5hmC），进而改善子代肝脏代谢功能。

2022-01-18

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一套完整的基于随机森林的机器学习流程（特征选择、交叉验证、模型评估））

编程算法机器学习决策树神经网络深度学习

为了展示随机森林的操作，我们用一套早期的前列腺癌和癌旁基因表达芯片数据集，包含102个样品(50个正常，52个肿瘤)，2个分组和9021个变量 (基因)。（https://file.biolab.si/biolab/supp/bi-cancer/projections/info/prostata.html）

2021-11-23

7K0

值得思考，机器学习模型做出的决策是你想要的吗？

编程算法机器学习决策树神经网络深度学习

区分预测模型和分类模型是很重要的一个事情。在很多决策应用中，分类模型代表着一个“不成熟”的决定，它组合了预测模型和决策制定，但剥夺了决策者对错误决定带来的损失的控制权 (如随机森林中的服从大多数原则，51棵树预测结果为患病49棵树预测结果为正常与91棵树预测结果为患病``9棵树预测结果为正常返回的结果都是患病)。如果采样标准或损失/收益规 (在预测疾病时，更看重敏感性而非假阳性)则发生改变，分类模型也需要相应的改变。而预测模型是与决策分开的，可用于任何决策制定。

2021-11-23

4090

机器学习爱好者必读的入门指南

机器学习神经网络深度学习人工智能编程算法

本指南适用于任何对机器学习（Machine Learning，ML）感兴趣但不知道从何开始的人。（莫烦Python机器学习）

2019-10-21

4100

三人成虎，概率却不足十分之五？

机器学习神经网络深度学习人工智能

你打算去西雅图旅游，但不确定是否会下雨。你打电话给三个在西雅图居住但彼此不认识的朋友询问。你的每个朋友都有2/3的可能告诉你真实情况，也有1/3的可能他们会搞砸。询问后所有的朋友都告诉你会下雨。

2019-05-09

1.5K0

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