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生信宝典

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NAR | 董波/王师/李语丽合作建立首个横跨动物界的进化发育组学数据库平台

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进化发育生物学（EvoDevo）是近年来国际上迅速崛起的新兴前沿交叉学科，旨在通过研究生物界高度多样化的发育过程，从而深刻归纳阐释发育过程背后隐藏的进化驱动机制和规律，以解答被Science杂志评为125个最具挑战性的科学难题之一的生物多样性决定机制问题。在过去的几十年里，利用经典模式生物（如黑腹果蝇、秀丽隐杆线虫、斑马鱼和小鼠）所开展的广泛研究给我们带来了生物学领域诸多重大发现和突破，奠定了目前遗传、发育和进化等领域的基本知识构架体系。然而，为数甚少的模式动物无法涵盖动物界高度多样化发育过程的全部信息，更无法提供对整个动物界发育进化过程的全景式解读和归纳。为填补这一极大的知识空白，利用具有关键系统发育位置和全谱系覆盖的新兴模式生物来描述整个生命树的发育进化，对驱动进化发育学领域的跨越式发展具有极为重要科学价值和意义。高通量测序技术的革命性突破及各类组学技术广泛应用，为生命科学领域带来前所未有的发展契机。基因组学、转录组学以及单细胞技术加速了许多传统的非模式生物转变成新兴的模式生物（如栉水母、丝盘虫、玻璃海鞘、侏儒蛤等）。尽管近些年非经典模式动物类群已积累了海量的多组学资源，并仍以史无前例的规模快速增长，但对这些储存分散的组学资源进行整合和综合分析仍是目前国际上动物进化和发育研究领域共同面临的重大挑战，迫切需要系统建立面向整个动物界的进化发育综合组学数据库和相应的分析工具和平台。

2022-11-29

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如何解读和在线绘制进化树？

http://mpvideo.qpic.cn/0bc3naabwaaaeiaaftjeavrfa2gddnuaagya.f10002.mp4?dis_k=97c96e1433ba6bd7dabb5a5

2022-04-19

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Genome Research封面文章｜张勇课题组开发方法绘制胚胎发育早期转录因子结合位点图谱

合子基因组激活（ZGA）是早期胚胎发育过程中最重要的生物学事件之一，转录因子在这一过程中具有重要的作用，绘制转录因子的全基因组结合位点图谱对于揭示其调控ZGA的机制具有重要意义。目前用于检测转录因子结合位点的技术主要依赖于高质量的特异性抗体，在已有的研究中仅有少数转录因子在ZGA时期的结合情况是已知的。

2022-03-27

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临床基因组分析相关数据库汇总

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一、人群SNV频率数据库数据库名称网站简介 dbSNP https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ dbSNP 包含人类单核苷酸变异、微卫星和小片段插入和缺失，以及常见变异和临床突变的发表、群体频率、分子结果以及基因组和 RefSeq 映射信息。 gnomAD http://gnomad.broadinstitute.org/或http://www.gnomad-sg.org/ gnomAD（v3.1.2）基于GRCh38，其中短变异（short variant）数据集涵盖了7

2022-01-19

1.5K0

轻轻松松画个热图

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热图是很常见的图形展示方式，在◾图形解读系列 | 给你5个示例，你能看懂常用热图使用吗？有详细描述。热图基本原则是用颜色代表数字，让数据呈现更直观、对比更明显。常用来表示不同样品组代表性基因的表达差异、不同样品组代表性化合物的含量差异、不同样品之间的两两相似性。实际上，任何一个表格数据都可以转换为热图展示。

2022-01-18

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NAR｜北大/中科院计算所团队发布基因功能富集分析平台KOBAS-i

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近日，国际知名期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research，IF:16.971)在线发表了北京大学孔雷课题组与中国科学院计算技术研究所赵屹研究员课题组合作开发的基因功能富集平台KOBAS-i (网址http://kobas.cbi.pku.edu.cn/ 或http://bioinfo.org/kobas)，文章题为“KOBAS-i: intelligent prioritization and exploratory visualization of biological functions for gene enrichment analysis”。

2022-01-18

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这个Venn 网络很漂亮！3分钟带你绘制！

再来3分钟看看EVenn的主要功能视频链接： http://mpvideo.qpic.cn/0b78oaaawaaaruaflpmkdjqfa4gdbnyaacya.f10002.mp4?dis_k

2022-01-18

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推荐几个单细胞数据分享和展示平台 | 短视频演示

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Broad的单细胞数据分享和展示平台可选择子类展示映射单个基因的颜色到t-SNE/UMAP图分屏展示Cluster着色图和单基因着色图多基因热图、Dotplot、Boxplot、Violinp

2022-01-18

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ROC和AUC也不是评估机器学习性能的金标准

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对于不平衡数据集，AUC值是分类器效果评估的常用标准。但如果在解释时不仔细，它也会有一些误导。以Davis and Goadrich (2006)中的模型为例。如图所示，左侧展示的是两个模型的ROC曲线，右侧展示的是precision-recall曲线 (PRC)。

2022-01-18

9580

Venn网络展示富集分析结果

前面讲述了富集分析泡泡图的绘制，富集分析结果也可以用网络形式同时展示富集的条目以及对应的基因。

2022-01-18

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什么是倾斜45度的火山图？

一位老师聊起火山图（Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图（在线轻松绘制）），说见过倾斜45度的类似图，可否演示怎么画？想了下，可能是下面这种图，绘起来看看。

2022-01-18

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推荐几个常用的生物通路数据库

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NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。

2021-07-06

1.5K0

微生物组常用数据库国内备份站点来啦！再也不用为数据库无法下载发愁啦！

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每一个微生物学组的研究者在分析数据的时候都会遇上各种数据的问题：做16S分析发现数据库定制格式不会，做宏基因组有参分析发现依赖数据无法下载，宏基因组注释分析时用的NT，NR数据库从NCBI下载太慢了，建软件索引时计算资源不足，甚至要担心有一天国际数据库切断了，我们该从哪里下载数据？

2020-10-10

1.2K0

总被审稿人提起的多重假设检验校正是什么？

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NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。

2020-10-10

1.9K0

图形解读系列 | 散点图也不简单

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来源：https://www.r-graph-gallery.com/272-basic-scatterplot-with-ggplot2.html

2020-07-03

2.1K0

生物AI插图素材获取和拼装指导 | 文末有中奖信息

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人靠衣装，佛靠金装，科研成果靠图装。如今做科研不仅只需要会做实验，如何将成果美美地展示出来也是一门需要培养的技能。科研海报、项目PPT、论文插图、通路图……这些直接刺激人感官的展示都可以帮助升华我们的科研内容。

2020-01-16

1.7K0

NAR |非编码RNA相互作用数据库NPInter v4.0

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2019年10月31日，Nucleic Acids Research在线发表了中科院生物物理所健康大数据研究中心题目为“NPInter v4.0: An integrated database of ncRNA interactions”的论文，发布了最新版的NPInter（NPInter v4.0)。该数据库系统地收录了绝大多数种类非编码RNA的相互作用，并对相互作用以及相关分子进行了详细的注释以及可视化，提供了一个全面、系统的非编码RNA相互作用的研究平台。

2019-11-07

7900

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（八）- Scater包输入导入和存储

http github git 开源

基因定量后会整理成一个行为基因（或转录本）列为细胞的表达矩阵。虽然前面做了原始数据质控和测序数据质控移除了一部分从reads数层面就不合格的细胞，还需要进一步根据表达矩阵移除其它类型低质量细胞。如果未能识别并移除低质量细胞会混淆下游分析中的有意义的生物信息。

2019-10-14

8830

MotifStack：多motif序列比较和可视化

最近大量跑chip-seq，看到一篇2016Cell的文章《Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape》感觉图3好惊艳。

2019-10-14

1.5K0

深度好文--单碱基编辑技术之工具篇

四个碱基A T C G 犹如一个个字符，它们排列组合形成的基因像一串串代码，在赋予生命个体共性的同时却又不失独特性，吸引着一个个学者前来探索生命的奥秘。并开发了多种工具展示这简单的四个碱基（感兴趣的请戳下面的历史文章）：

2019-10-12

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