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生信宝典

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Nature Biotechnol | 李家洋/余泓团队利用平铺删除策略打破性状连锁，突破水稻产量瓶颈

不同农艺性状之间常常存在一种此消彼长的权衡效应（trait trade-off），例如植物高产与抗病、高产与高品质、产量因素间的负相关性等，使得这些优异性状难以兼得，也使得作物育种难以突破瓶颈。这种权衡效应可能由连锁累赘（linkage drag）或基因多效性（gene pleiotropy）引起。连锁累赘可以通过基因的精细定位和交换重组来解决，然而，基因多效性引起的权衡效应仍然没有有效方法进行解除。此外，目前的基因功能研究主要关注了其产生的优异表型，而忽略了其同时带来的负效应，使得育种实践中发现这种负效应难以破除，造成只有少量基因能够得到很好利用。如何解决基因多效性造成表型间的权衡效应，对于突破现有育种瓶颈有重要科学意义。

2022-06-10

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JGG：青岛大学苏晓泉团队利用条件致病菌指数评估环境微生物风

评估环境中条件致病菌的风险程度并了解其传播途径是公共健康中最为重要的环节之一。之前研究虽然已经发现针对特定疾病的微生物标记，并建立基于微生物组的诊断方法，但对复杂微生物组群落致病性的全面综合量化（例如，致病菌总体含量、致病菌类型、疾病类型等），仍然缺乏高效的生物信息分析手段。此外，微生物组研究通常以整体菌群作为考察对象，会掩盖菌群中有特殊功能的子类群（比如条件致病菌）的独特功能。因此亟待开发和完善相关生物信息方法以解决上述问题。

2022-03-25

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生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？

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生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。

2022-01-19

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基因功能不确定？做一下单基因GSEA怎么样？

日志服务 tcp/ip

NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。

2022-01-19

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Nature Methods | 中山骆观正实验室在RNA修饰方法学领域取得重要进展

RNA分子在生命出现伊始就存在，在漫长的演化历程中，逐渐从生命信息存储和表达的双重身份中特化出来，成为信息传递的媒介。处于中心法则中间的RNA，既不像DNA存储遗传信息，也不像蛋白质直接体现生命活动，只在少数特例（如病毒、核酶）中提醒人们它仍然保留来自远古的使命。近年来，表观转录组学（epitranscriptomics）的提出为该领域注入了新的思想【1,2】。人们发现，真核生物不同种类RNA上存在超过150种化学修饰，其中很大部分继承于古老的共同祖先。这些修饰或参与了RNA与其它大分子的互作，或影响了RNA本身的代谢，在生命过程中起着至关重要的作用【3,4】。

2022-01-18

4400

你的数据可也可以发三篇NAR的文章

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生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。

2022-01-18

6070

一个家系突变分析一篇 SCI | 文章解析

链接：https://doi.org/10.3389/fgene.2021.763467

2021-12-10

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把函数包起来就是一个R包 - 完整开发指南

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NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。

2020-10-30

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在Rstudio中点一点就出来了一个R包

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2020-10-30

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他，生物系毕业，刚入职连Java都没听过，却在马云的要求下，三周写出淘宝网雏形

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2020-10-30

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聊个天就把生信分析做了？你的未来在哪里？

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2020-10-19

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聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序？

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2020-09-21

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Nature|转录因子NRF1结合和DNA甲基化的竞争性抑制

目前已经报道了一些转录因子可以结合甲基化的区域，如转录因子REST和CTCF，并且导致结合位点发生去甲基化。本研究作者使用Dnmt3a,Dnmt3b和Dnmt1三突突变体，在突变体背景下，全基因组的DNA甲基化水平发生了下降。通过DHSs-seq测序，DNA甲基化低的区域往往也有DHS-seq信号存在(图1a)，为很强的负相关。通过对比DNA甲基化TKO突变体和野生型，作者鉴定了野生型特异和突变体特异的DHS区域（图1b）。作者分别鉴定了TKO（triple knockout)特异和野生型(WT)特异的DHS区域，衡量了其甲基化水平。发现TKO特异DHS区域其本底(野生型)甲基化水平非常高(图1c)，也暗示了一些高甲基化区域发生了去甲基化，形成了DHS结合位点。作者接下来分析了不同的转录因子motif在TKO特异背景下的存在比率(图1d)，发现了其想研究的NRF转录因子（图1d和e）。

2019-11-14

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细胞环境对miR-155介导的四种主要免疫细胞类型基因调控的影响

DOI: 10.1038/s41590-018-0208-x (后台回复miR-155获取PDF版文献)

2019-10-14

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生信宝典之傻瓜式(六)查找转录因子的靶基因

这次介绍的是如何查找某个转录因子在某个细胞系中调控哪些基因。转录因子对基因的调控最直接的方式就是从转录因子是否在对应基因启动子区或邻近有结合，这是TF ChIP-seq所要解决的问题 (当然ATAC-seq配合motif分析也可以)。哈佛大学刘小乐教授课题组收集并从头分析了38,667个TF、Histone、Chromatin Accessibility数据并把每个样品的质量评估、比对结果、峰图数据、结合peak和靶基因等数据共享在CISTROME平台供我们使用。这样我们在预实验和确定研究思路时不需

2018-06-13

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