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文章/答案/技术大牛

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生信宝典

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Mol Cell | 赵永兵等发现“Stripe”转录因子帮助其它转录因子结合到DNA上并保持基因组调控区域染色质的开放性

数据分析 cell 编码论文数据

目前赵永兵老师已在中科院广州健康院成立研究团队，正在招聘人才，具体见生信宝典头条。在哺乳动物细胞中，转录因子（transcription factors，TFs）以合作的方式结合到基因组的顺式调节元件（或调控区域，cis-regulatory elements）上形成增强子（enhancers），并根据生长、发育以及环境的需要来调控基因的时空表达。人类基因组编码超过1600种不同的转录因子，而每一个调控区域通常包含多个转录因子结合位点 (TF binding sites)，因此解码转录因子结合到基因组调控区域的过程对于阐明基因转录调控的机制非常关键。

2023-11-02

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Cell-- 战胜癌症中的耐药性，组合疗法初见成效！

数据分析 cell 模型设计同步

癌细胞经历系统化疗、靶向治疗或免疫治疗时对相关药物会逐步产生耐受性。抗癌药物耐药是一种多因素的现象，可通过多种机制产生。原发性肿瘤内的不同遗传组成的癌细胞亚群，对化疗或靶向药物有不同的敏感性，因此最初的治疗可能只消灭一部分癌细胞，那些对治疗不太敏感的癌细胞会存活下来。在接受靶向抗癌药物治疗后，由于药物靶标的改变（靶蛋白中的次级突变或肿瘤细胞影响蛋白质表达水平的表观遗传变化）、肿瘤微环境的改变以及其他细胞和分子机制，耐药性可能会出现。许多靶向药物的耐药机制存在一些共同点，包括癌基因信号通路的再激活（原始信号效应因子的下游重启动）、逃逸（招募具有相同下游信号输出的类似通路）和无视药物（进化出与初始治疗细胞状态不相关的状态）。当前单药或联合治疗的耐药性仍然是癌症治疗的一个挑战，耐药性是大多数癌症患者因肿瘤复发而死亡的主要原因。

2023-08-30

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生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？

数据库 sql 数据分析 tcp/ip

生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。

2022-01-19

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非度量多维排列 NMDS (Non-metric multidimensional scaling)分析

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多维排列 (Multidimensional scaling,MDS)是可视化多变量样品(如多个物种丰度、多个基因表达)相似性水平的一种方法。其基于距离矩阵进行一系列的排序分析。

2022-01-18

4.3K0

ggplot2绘图点的形状不够用怎么办？

fviz_pca_ind是factoextra里面用来可视化PCA结果的一个参数，具体见PCA主成分分析实战和可视化 | 附R代码和测试数据。

2022-01-18

1.5K1

这个为生信学习打造的开源 Python 文字教程真香！！！

web.py python 数据分析编程算法

欢迎来到Python的世界，本教程将带你遨游Python，领悟Python的魅力。本教程专注于帮助初学者，尤其是生物信息分析人员快速学会Python的常用功能和使用方式，因此只精选了部分Python的功能，请额外参考Python经典教程A byte of python和它的中文版来更好的理解Python. 本文档的概念和文字描述参考了A byte of python(中文版)，特此感谢。

2022-01-18

1.2K0

不用做实验也可以轻松找到癌症组织特异性基因

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组织特异性基因（Tissue-specific Genes）是指在不同类型的细胞中特异性表达的基因，其调节细胞特异的形态结构或生理功能。组织特异性基因的表达是理解生物学过程、生理环境和疾病产生的关键，对TissGenes的研究将有助于深入了解致病机制和特异性治疗靶点，同时可以促进对临床相关的突变基因的发现。

2022-01-18

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你的数据可也可以发三篇NAR的文章

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生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。

2022-01-18

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重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）

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NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。

2021-12-31

2.2K0

河南农大姚文与张会勇课题组合作发表长文综述，系统总结R/Shiny在开发交互式生物学网络工具中的应用

python 数据分析网站

河南农大姚文与张会勇课题组合作发表长文综述，系统总结R/Shiny在开发交互式生物学网络工具中的应用

2021-10-22

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一文读懂PCA分析（原理、算法、解释和可视化）

编程算法数据分析

NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。

2021-04-14

8.7K0

单细胞文章专列——细胞图谱

NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。

2020-10-30

2.2K0

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总（五）

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获得高质量的单细胞后，单细胞RNA-seq（scRNA-seq）分析工作流程的下一步就是执行聚类。聚类的目标是将不同的细胞类型分成独特的细胞亚群。为了进行聚类，我们确定了在细胞之间表达差异最大的基因。

2020-09-18

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“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅

编程算法 https 网络安全数据分析

我其实在Seurat v3官方网站的Vignettes中就曾见过该算法，但并没有太多关注，直到看了北大张泽民团队在2019年10月31日发表于Cell的《Landscap and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma》，为了同时整合两类数据（包括SMART-seq2和10X）（Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）- 导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris）达到不同平台的数据可以整合一起进行非监督聚类（基因共表达聚类分析和可视化）的效果，作者使用了harmony算法。

2020-06-24

4.7K0

单细胞RNA-seq预处理工具比较分析（bioRxiv）

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。

2020-04-26

1.7K0

NBT：单细胞转录组新降维可视化方法PHATE

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2020-04-24

1.8K0

第一篇新冠单细胞文献！|解读

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2020-04-23

1.7K0

cellassign：用于肿瘤微环境分析的单细胞注释工具

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NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。

2020-04-21

2.8K0

单细胞分析Seurat使用相关的10个问题答疑精选！

https 网络安全 r 语言数据分析

作为一个刚刚开始进行单细胞转录组分析的菜鸟，R语言底子没有，有时候除了会copy外，如果你让我写个for循环，我只能cross my fingers。。。。

2020-02-26

2.1K0

利用单细胞公共数据对新冠受体ACE2的研究进展

网络安全数据分析

目前对新冠病毒受体ACE2在人体组织中的分布正在不断的进行解析，其中单细胞公共数据对受体在不同细胞中的发现起到关键性作用，下面对有关利用单细胞公共数据对组织细胞中ACE2的研究进展进行汇总。

2020-02-19

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