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生信技能树

专栏作者
1890
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3527881
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1132
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cytof能被称为单细胞蛋白质组学吗
病人队列是:tumor samples from 58 prostate cancer patients:
生信技能树
2022-06-08
5760
cytof数据拆分
如果你确实纠结于cytof数据处理的软件和工具的选择,也可以看2019的文章,Liu et al. Genome Biology,标题是;《A comparison framework and guideline of clustering methods for mass cytometry data》,在6个数据集上面,测试了9种算法的表现。
生信技能树
2022-03-03
1.1K0
cytof数据处理工具大比拼
可以看到, 不同工具的开发语言大不一样,其实这样的比较哪怕是告诉我那个MATLAB开发的工具多么的有优势,我也不想去使用,毕竟新学一门语言还是压力有点大。
生信技能树
2022-01-10
1.3K1
细胞亚群注释神器SingleR把它的参考数据库放在了celldex包
最近在这个教程下面看到了一下留言,说下载SingleR 的数据库失败。我帮忙看了看, 注意到 Revised: June 14th, 2020的时候SingleR 1.4.1 ,里面使用了下面的代码获取参考数据库:
生信技能树
2021-04-30
3.6K0
一个包的升级居然造成bioconductor如此大的破坏
很简单的安装一个低版本的 RSQLite 即可, 安装成功后,重新打开一下R语言!
生信技能树
2021-04-29
4600
都不需要正式发布在bioconductor的包也可以发文章了
S4对象的讲解(这个是综合性质的讲解,因为bioconductor系列的包的基础就是一系列对象及函数,需要细致的讲解)
生信技能树
2021-04-29
3150
并不一定要单细胞转录组才能看肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例
既然流式细胞仪如此昂贵,那我们就一起看看流式细胞仪是如何探测肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例的吧。以发表在Front. Immunol., 01 February 2019 | https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.03101的文章为例子,标题是:《Immune Cell Composition in Human Non-small Cell Lung Cancer》,该研究探索了 免疫组成情况 in adenocarcinoma, squamous cell carcinoma, distal lung, regional lymph node, and PBMCs in the cohort of NSCLC patients (n = 68).
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2020-12-07
6520
cytof数据处理难点之合并两个不同panel的数据集
其实跟纯粹的单细胞转录组就非常类似了,不过单细胞转录组数据分析的细节以及背景我就不赘述了,看我在《单细胞天地》的单细胞基础10讲:
生信技能树
2020-12-03
1.6K0
cytof数据处理难点之修改FCS文件
其实跟纯粹的单细胞转录组就非常类似了,不过单细胞转录组数据分析的细节以及背景我就不赘述了,看我在《单细胞天地》的单细胞基础10讲:
生信技能树
2020-12-03
1.9K0
cytof数据处理难点之细胞亚群继续分群
其实跟纯粹的单细胞转录组就非常类似了,不过单细胞转录组数据分析的细节以及背景我就不赘述了,看我在《单细胞天地》的单细胞基础10讲:
生信技能树
2020-11-23
9240
cytof数据处理难点之细胞数量平衡
其实跟纯粹的单细胞转录组就非常类似了,不过单细胞转录组数据分析的细节以及背景我就不赘述了,看我在《单细胞天地》的单细胞基础10讲:
生信技能树
2020-11-23
1.1K0
cytofWorkflow之人工注释生物学亚群(五)
上一讲我们构造好了SingleCellExperiment对象,后续全部的分析都会以这个SingleCellExperiment对象为准,大家务必熟悉SingleCellExperiment对象的各种结构,教程见:cytofWorkflow之构建SingleCellExperiment对象(二)。有了这个SingleCellExperiment对象,而且经过了合理的质量控制,并且聚类分群了,就可以开始整理它亚群并且根据抗体信号强度值对不同亚群进行生物学注释。
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2020-11-23
6850
cytofWorkflow之亚群比例差异分析(六)
上一讲我们构造好了SingleCellExperiment对象,后续全部的分析都会以这个SingleCellExperiment对象为准,大家务必熟悉SingleCellExperiment对象的各种结构,教程见:cytofWorkflow之构建SingleCellExperiment对象(二)。有了这个SingleCellExperiment对象,并且成功分成了不同的生物学亚群,就可以看看不同组样本的不同生物学亚群的比例差异。
生信技能树
2020-11-23
7600
cytofWorkflow之基本质量控制(三)
上一讲我们构造好了SingleCellExperiment对象,后续全部的分析都会以这个SingleCellExperiment对象为准,大家务必熟悉SingleCellExperiment对象的各种结构,有了这个SingleCellExperiment对象,第一步是对它做一些质量控制操作。其实前面教程里面的看这些抗体在我们的不同病人的表达量分布情况:
生信技能树
2020-11-19
7190
cytofWorkflow之读入FCS文件(一)
实际上跑一下cytofWorkflowbioconductor官网教程就足够了,我这里把他们的教程拓展一下,以一篇发表在nature medicine杂志的文章数据为例子,演示给大家全部的流程细节。
生信技能树
2020-11-19
1.9K0
cytofWorkflow之构建SingleCellExperiment对象(二)
上一讲我们提到了,跟着cytofWorkflow,可以使用read.flowSet函数全部的FCS文件后,会产生一个对象,这里面变量名是 samp 。其实cytofWorkflow只是一个流程而已,这个read.flowSet函数来自于R包。
生信技能树
2020-11-19
6460
一个MeDIP-seq实战(优秀学徒成果展)
参考: http://www.bio-info-trainee.com/2352.html http://www.bio-info-trainee.com/2494.html
生信技能树
2018-10-25
1.8K0
把含有多样本的vcf文件拆分
非常多已经造好的轮子可以完成,包括bcftools,vcftools,还有大名鼎鼎的GATK,随便举例如下:
生信技能树
2018-09-21
3K0
circRNA分析利器KNIFE试用笔记
从release中选择v1.4稳定版本下载,不建议使用git clone下载,开发版还有一些bug未解决。
生信技能树
2018-09-21
1.3K0
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