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生信技能树

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scATAC-seq数据分析的Python包——SnapATAC2

算法 python 数据分析测试数据

项目地址：https://github.com/kaizhang/SnapATAC2/

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2024-03-25

1250

Scbean——单细胞多组学分析的Python库

python 深度学习开发模型数据

文章：Zhang, H., Wang, Y., Lian, B., Wang, Y., Li, X., Wang, T., ... & Hu, J. (2024). Scbean: a python library for single-cell multi-omics data analysis. Bioinformatics, btae053. https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btae053/7593744

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2024-03-25

810

Python初体验之你需要一个IDE

python ide 工具管理开发

然后呢，开始学习一个编程语言，我们肯定是首先得安装好它，比如前面我们讲解了Python的安装，它多个版本的差异以及管理，详见：Python初体验之弄清楚版本差异和如何安装管理，但是我们的电脑里面有了Python还不够，我们大概率是不会在最原始的界面里面去编写和调试Python代码，除非你天赋异禀或者说有特殊的爱好比如喜欢极简和原始，初学者应该是在集成开发环境（Integrated Development Environment）里面编写和调试Python代码，因为不同的IDE会提供大量的帮助工具！

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2024-01-04

1900

Python初体验之你可能需要Jupter的Notebook

python 编程语言浏览器软件图表

如果是在R编程语言，我们会推荐大家写rmarkdown，交互式动态呈现每次代码以及它的运行结果，一步到位输出HTML或者PDF格式的数据分析报表，非常方便。在Python编程语言里面，能实现类似的功能的就是Jupter的Notebook。

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2024-01-04

2141

Python初体验之你需要加快你的模块安装速度

python 变量技巧开发终端

通常情况下，我们拿到了Python代码后在运行它的过程中大概率上需要加载很多Python模块，但是对初学者的电脑来说，是接近于空白的，需要一个个模块自己安装。如果我们类比R语言来说，安装R包的代码是非常简洁，如下所示的规律代码安装任意包：

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2024-01-04

1580

Python初体验之弄清楚版本差异和如何安装管理

python conda 编程语言管理软件

当谈到 Python 的更新历史时，通常是指 Python 主要版本（Major Versions）的发布历史。Python 从 1991 年（居然跟我同岁）的第一个版本开始，经历了多个主要版本的更新。以下是 Python 的主要版本更新历史：

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2023-12-28

1900

高颜值的Python版WGCNA分析和蛋白质相互作用PPI分析教程

python 教程可视化数据网络

OmicVerse是用Python进行多组学（包括Bulk和单细胞分析）的基础框架。前面我们在<生信技能树>公众号宣传过一波; Python的转录组学分析框架与生态，因为是需要去github点star后发邮件才能进群交流，所以操作门槛有点高，所以本次文末开放拉群小助手给大家帮忙入群跟作者团队面对面沟通哈。

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2023-09-04

5550

Python转录组学分析框架：Omicverse的安装以及差异分析

python 函数可视化框架配置

OmicVerse是用Python进行多组学（包括Bulk和单细胞分析）的基础框架。前面我们在<生信技能树>公众号宣传过一波; Python的转录组学分析框架与生态，因为是需要去github点star后发邮件才能进群交流，所以操作门槛有点高，我们后续再次开放拉群小助手给大家哈。

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2023-09-04

9740

Python的转录组学分析框架与生态

python 教程框架数据算法

2023年6月7日，来自北京科技大学，清华大学与中山大学的研究者在biorxiv上发布了一篇题为“OmicVerse: A single pipeline for exploring the entire transcriptome universe” 的研究工作，该框架的提出解决了RNAseq分析诸多问题：

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2023-09-04

3050

让基于图形泛基因组的比对不再抓瞎 (VAG更新与中文手册v1.01)

随着VAG进一步的成熟，我们为了进一步扩大用户的应用平台，推出了window版本的VAG，且界面进一步优化，目前已经能基本实现从图文件提取，bam文件提取，到可视化展示（目前的版本只支持read比对的结果展示（read）与图形基因组(Graph)展示）。Window版本已整合所有依赖的包，点击即用，通过生成本地图文件与调用浏览器展示可交互的图像。但<.info>文件的生成与泛基因组图的格式的转化仍需通过getinf.py脚本与经gfatools的处理的脚本生成。

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2023-03-01

1.2K0

Python也能画漂亮的complex heatmap？

javascript python https github

对于经常用R语言来画图的科研工作者来说，应该对ComplexHeatmap（https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/）很熟悉了吧。这个包画的热图，既专业又漂亮。

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2023-02-28

9880

[GSEAPY] 在Python里进行基因集富集分析

在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python)

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2023-02-27

1.2K0

在Python中使用BEDTools

前言 pybedtools 是采用 Python 对BEDTools 软件的封装和扩展。为啥要用pybedtools ，而不是直接使用BEDTools 呢？当然是我们想在Python 使用 BEDTo

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2023-02-27

1.1K0

Python版的DESeq2尝鲜

Python版的DESeq2已上线，以后就可以使用Python来做差异分析了。目前文章还在bioRxiv。我来简单尝尝鲜。

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2023-02-27

8990

Python应该要会一点吧

python ide https

近期看了一下《Python编程从入门到实践》这本书，然后写了一些笔记，和大家分享一下。

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2023-02-27

1.7K0

Python版SCENIC转录因子分析（四）一文就够了

数据库 sql python

在升级了pySCENIC后，发现转录因子数据库更新了。因此本文基于更新后的转录因子数据库，再次记录了从软件部署到pySCENIC的运行，最后进行可视化的详细笔记，希望对大家有所帮助，少走弯路。

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2023-02-27

4.9K0

用Python学生信

python ide https

把《Python生物信息学数据管理》这本书看完了，然后也写了一些笔记，和大家分享一下。

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2023-02-27

9090

R不规则数据长变宽

python 编程算法 r 语言

我看了看，大概是提问的小伙伴自己没搞清楚自己想要什么，他自己给出来了一个非常丑陋的解决方案，他实现如下：

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2023-02-27

5510

单细胞数量太多可以抽样也可以

文件存储 python express linux

但是有同学提问，它的单细胞表达量矩阵是五万到十万个细胞，并不想预先拆分成为单细胞亚群分组，所以没办法使用AverageExpression得到一个简单的表达量矩阵，想直接对全部的单细胞矩阵进行gsva，但是矩阵每次都会内存溢出，大家也可以尝试下面的代码：

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2022-07-26

1.6K0

10x官网下载pbmc3k数据集走RNA速率上下游分析实战

当时对很多测试项目都是拿到了loom文件，就可以进行下游 velocyto.R 这个R包进行后续统计可视化啦！准备第二天就讲解velocyto.R 这个R包用法，但是却忘记了，最近看到有小伙伴在该推文下面赞赏200元催更，激起了我的创作动力！

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2022-07-26

1.2K0

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