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搞生物信息学怎么能不使用Git和GitHub
git
github
工具
工作
管理
这篇文章的标题是“利用Git和GitHub的十条简单规则”，作者是Yasset Perez-Riverol等人。这篇文章主要讨论了如何有效地使用Git和GitHub来管理和推动项目。以下是文章的主要内容：
生信技能树
2023-09-04
205
0
使用MuSiC以及MuSiC2来根据单细胞转录组结果推断bulk转录组细胞比例
github
git
开源
数据库
sql
这些工具都是依据肿瘤病人的转录组测序表达量矩阵进行的分析，也有几百篇类似的数据挖掘文章了，它们总是喜欢落脚到estimate或者CIBERSORT结果的预后意义。
生信技能树
2023-02-28
954
0
scATAC-seq| motif 分析
github
git
开源
数据库
sql
但是没有能坚持下来，其实文章给的配套github代码非常齐全了，就是需要花时间钻研和解读。
生信技能树
2023-02-28
1K
0
scATAC-seq| 可视化DARs
github
git
开源
腾讯云开发者社区
https
但是没有能坚持下来，其实文章给的配套github代码非常齐全了，就是需要花时间钻研和解读。
生信技能树
2023-02-28
592
0
R版BBKNN整合去批次
编程算法
github
git
开源
r 语言
之前我有测试过很多整合去批次的算法，例如CCA，RPCA，harmony，LIGER等：
生信技能树
2023-02-27
847
0
三个buff都不能让你成功getGEO吗
github
git
开源
https
网络安全
一番搜索，发现是GEOquery更新过后，downloadFile这个函数做了改动。
生信技能树
2023-02-27
556
0
相关性热图、圈图、弦图（笔记）
github
git
开源
如下所示，可以看到有多个样品，每个样品都有多个基因表达量，这个时候我们比较关心的是这些基因的表达量相关性（在多个样品），基因与基因之间有两两组合相关性：
生信技能树
2023-02-27
1.6K
0
整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（二）：R包Scissor
编程算法
github
git
开源
https
上个帖子介绍了整合单细胞数据和Bulk数据的最新方法scAB，整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（一）：R包scAB。除了scAB以外，衔接单细胞数据和Bulk测序数据的方法还有Scissor， scPrognosis 和DEGAS 等工具。本系列文章计划依次介绍这些算法，提供给大家更多的选择。本文将继续介绍Scissor算法。
生信技能树
2023-02-27
2K
0
整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（一）：R包scAB
编程算法
github
git
开源
最近刷到NAR最新的一篇算法文章《scAB detects multiresolution cell states with clinical significance by integrating single-cell genomics and bulk sequencing data》，DOI10.1093/nar/gkac1109。通过整合单细胞基因组学（包括scRNA-seq和sc-ATAC-seq数据）和Bulk RNA 测序数据及表型信息，在这里作者提出了一种称为 scAB 的新算法。
生信技能树
2023-02-27
1.8K
0
马上都2023了，但是CNS级别单细胞文章仍然是使用monocle2
https
github
网络安全
git
开源
其实大家简单的搜索就能发现 trapnell 实验室虽然出了 monocle3 ，而且写的很清楚：Monocle 2 and Monocle 3 alpha are deprecated， Please use our new package, Monocle 3 ，如下所示的链接 ：
生信技能树
2022-12-16
1.8K
0
升级了R4.2的好处
github
git
开源
然后重新安装了最新版R，并且重新一次性安装了一千多个包，这次居然有意外收获，莫名其妙的我可以在线直接安装GitHub包啦：
生信技能树
2022-07-26
1.3K
1
2022年5月_生信入门班_微信群答疑笔记
git
上面提示你已经安装过了，不需要重复安装。记住检查安装是否成功的唯一标准就是library，library一下看看
生信技能树
2022-07-26
2.5K
0
听说你的拟时序图跑的像蜈蚣
腾讯会议
github
https
git
开源
文章是：《Defining the emergence of myeloid-derived suppressor cells in breast cancer using single-cell transcriptomics》，数据集是：GSE139125
生信技能树
2022-07-26
1.8K
0
批量运行多个R脚本
github
linux
https
git
开源
如果把这些R代码文件一个个打开，然后一个个运行，工作量也不小，所以我们推荐一个技巧：
生信技能树
2022-07-26
1.8K
0
ProTICS 揭示了不同分子亚型中肿瘤浸润免疫细胞的预后影响
tcp/ip
git
github
开源
数据处理
这是生信技能树知识整理工作的第2个文档，前面的是：基于支持向量机模型的TNBC的分子亚型预测
生信技能树
2022-07-26
543
0
快速将rmd文件转化为R纯代码文件，你喜欢吗？
github
https
git
开源
网络安全
但是这样的入门，远远不够，一般来说看几十个甚至上百个各个方向的R包的文档是躲不过去的，而R包文档往往是以 rmd文件的网页形式给出来 ，比如 scRepretoier结果 -> 传入 Seurat，这个很完整的解决方案就需要看文档。都在 https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html 基本上就需要大家根据这个文档慢慢的一步步复制粘贴代码去运行，才能体会 Interacting with Single-Cell Objects的技巧 ；
生信技能树
2022-07-26
949
0
Hiplot 在线绘图工具的本地运行/开发库开源啦！
https
网络安全
开源
github
git
Hiplot 项目发起于 2019 年，是由国内生物信息学开源社区 Openbiox 和多家单位和机构共同建设的一个免费、易用、部分开源的综合在线绘图系统（生物医学为主）。截至目前，该网站已提供超过 230+余个在线可视化分析功能，涵盖了基础科研绘图、组学可视化和部分临床模型可视化功能。总的注册用户已超过 2 万 5 千人，总访问量超过 300 万次，每日任务数已超 4000 余次。
生信技能树
2022-06-27
503
0
R包更新过程中readr和cli不匹配
数据挖掘
linux
github
git
开源
下面是学员解决问题的记录 (生信技能树学员 ) 📷 自我介绍：我是一名儿科医生。硕士毕业工作已有十年的时候，在职博士还没有毕业方向，觉得生信学习或许是一个新的出口，于是跟随生信技能树的马拉松课程学习了数据挖掘，也学习了一些Linux的基础知识。一边忙碌的临床工作，一边挤时间学习这从未接触过的领域，到如今刚好一年，结合部分临床实验数据、数据挖掘生物信息分析等内容，终于完成了毕业论文的撰写。目前博士论文刚刚通过盲审评阅，等待着毕业收尾工作。非常感谢生信技能树的各位老师。 💡当你开始学习生信时，一定会遇到各种报
生信技能树
2022-06-08
3.2K
0
数不胜数的单细胞文献全代码大放送
https
网络安全
github
linux
git
这个单细胞文献的项目的10x数据分析表达量矩阵，以及配套代码，甚至全部的图表，都是在公开可以学习的！它的价值对初学者来说，不可限量。每个人都可以下载它，打开代码，一行行学习和解读，甚至可以出一个自己的系列笔记。
生信技能树
2022-06-08
1K
0
记录单细胞学习过程中的两个R包报错
github
git
开源
r 语言
1.SeuratData包，因为学习单细胞测序的很多示例数据全在这个包里，所以这个包的出镜频率其实是比较高的，但是我在成功下载后library出现了如下报错
生信技能树
2022-06-08
2.6K
0
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