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看过来！！这里有超级好用的单细胞数据分析与流式数据分析软件
数据分析
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这几天小编被朋友圈刷屏，流式行业巨头BD公司将在中国推出全新一代的FlowJo® Portal门户激活系统以及单细胞数据分析软件SeqGeqTM。FlowJo®软件只要做流式的老师肯定不会陌生，近些年FlowJo®研发团队也是在致力于高维流式数据分析方面，开发了种类非常多的算法插件，基本上降维/聚类/可视化的算法插件分析都有。加上推出了不用装插件的Pluginplay bundle欢乐包，插件也不用费劲装了，也是给没有生信背景的科研人员提供了非常不错的选择。
生信技能树
2022-07-26
1.2K
0
这是我见过的最搞笑的单细胞数据挖掘凑图
数据挖掘
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但是目前绝大部分小伙伴对单细胞的理解还停留在凑图上面，比如一个文章：《Comprehensive analysis reveals a prognostic and therapeutic biomarker CD3D in the breast carcinoma microenvironment》，链接：Biosci Rep (2021) ， https://doi.org/10.1042/BSR20202898
生信技能树
2022-03-03
358
0
STUtility || 空间转录组多样本分析框架（一）
图像处理
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编程算法
空间转录组学是一种通过结合基因表达数据和显微图像数据来可视化和定量分析组织切片中转录组定量的方法。在前几期的文章中，我们主要讲述的是单个空间转录组样本的分析，今天要讲的是如何分析多张切片。处理过单细胞转录组的同学不会忘记，多样本分析和单样本是多么的不同。在空间这里关键的一点是多个图像的处理（对齐）。STUtility的开发者Ludvig Larsson和Joseph Bergenstrahle是Joakim Lundebergs教授团队的博士生，该团队是空间转录组技术(ST)的最初发明者，后来被10X Genomics收购。团队工作室位于瑞典斯德哥尔摩的生命科学实验室(SciLifeLab)。为了给大家一个宏观的视角，来看看人家的实验室是怎样的：
生信技能树
2021-10-21
814
0
空间转录组如何寻找感兴趣区域（ROI）
https
图像处理
网络安全
有过计算机视觉和影像组学数据分析经验的朋友，对感兴趣区域（region of interest，ROI）不会感到陌生。感兴趣区域就像它的字面意思一样直白，哪些区域您比较感兴趣？空间表达数据也允许我们在空间信息中找出这个ROI了。那么，在我们空间表达数据中的ROI是什么，有什么意义，如何确定？确定之后如何分析？这些有意思的议题，我们会在这篇文章中探讨。
生信技能树
2021-10-21
805
0
用ImageJ处理空间成像数据
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网络安全
数据分析
图像处理
我们经常看到Visium 空间转录组报告中有图像数据，那么它是怎么得的呢？今天给大家演示一下用ImageJ来处理空间图像数据，尽管这只是ImageJ众多功能中的一个。
生信技能树
2021-10-21
1.2K
0
10x单细胞表达矩阵你也敢用Excel打开
图像处理
编程算法
https
网络安全
我实在是很难理解， 3500多个细胞已经是 3500多列的矩阵，作者怎么就敢使用Excel打开，不怕电脑奔溃吗？
生信技能树
2021-02-04
1.1K
1
使用ImageMagick快速将多张图片合并成一个pdf
图像处理
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本来呢，我是不想发如此“简陋”的教程，毕竟咱们《生信技能树》出品的教程质量还是受认可的。
生信技能树
2020-12-03
1.6K
0
3D的火山图我也是第一次见
图像处理
腾讯云开发者社区
但是我一直在纳闷，为什么都是肿瘤学大佬呢，ngs组学也可以应用于其它疾病啊，心血管疾病，糖尿病啥，最近搜文献无意中发现了一个类风湿关节炎，Rheumatoid Arthritis (RA) 的队列研究。
生信技能树
2020-07-02
661
0
3D基因组—实验技术
图像处理
基因组的三维立体结构的主要组成是DNA和蛋白质。研究基因组的三维立体结构就是研究DNA与蛋白之间的互作。ChIP一直是研究蛋白与DNA互作的重要方法。他可以显示众多调节蛋白在基因组上的分布。下表是生物体内常见的几种DNA调节蛋白。
生信技能树
2019-05-08
1.1K
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