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Linux下的文本排序让我很意外
shell
linux
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https
http
这里就是{1..25}语法，是shell的扩展，shell扩展有以下几种，并按以下顺序处理，当然如果没找到匹配的扩展格式，那就不处理：
生信技能树
2023-02-28
902
0
在Python中使用BEDTools
python
shell
前言 pybedtools 是采用 Python 对BEDTools 软件的封装和扩展。为啥要用pybedtools ，而不是直接使用BEDTools 呢？当然是我们想在Python 使用 BEDTo
生信技能树
2023-02-27
1.1K
0
如何优雅的给单细胞转录组fastq文件改名
shell
cell
count
这个时候假设我们的 A,B,C,D四个fq文件其实是同一个病人的10x，就需要改名；
生信技能树
2023-02-27
1.2K
0
Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告
https
网络安全
数据分析
shell
数字游民第三波有你吗 https://mp.weixin.qq.com/s/q864LQvsOOmd9nUyxk939w
生信技能树
2022-06-27
2.6K
1
新格元的单细胞转录组软件CeleScope实战
shell
github
https
git
开源
于是安排学徒去到新格元的官方网站，有对这款试剂盒及其分析软件（celescope）的介绍，在github上有软件的使用说明及下载：https://github.com/singleron-RD/CeleScope
生信技能树
2022-03-03
2K
0
一个RNA-seq数据分析的Snakemake流程
数据分析
php
arm
shell
自动化
但是如果RNA-seq数据分析项目非常多，或者说每个项目里面的样品非常多， 这个时候我们会推荐流程化管理我们的脚本，我个人的数据分析生涯主要是shell脚本，因为并不是企业级项目管理，能跑十几个项目还是因为要去给粉丝帮忙。对企业生产实践来说，Snakemake流程化管理各个NGS数据分析流程是一个很好的选择，恰好看到了一个最新的 Snakemake workflow, 推荐给大家。
生信技能树
2021-12-17
1K
0
WES，WGS等DNA测序数据找变异流程服务
jar
shell
pipeline
sed
肿瘤或者家系的WES，WGS等DNA测序样品的fastq数据，需要比对到参考基因组并且找变异并且注释，我们仅仅是收取一个计算机资源的费用，800-8000元人民币（根据样品数量不同收费不一样）即可，并且提供全套代码。不管是公共数据集还是你自己的实验测序数据，一样的费用！我们会代替你跑如下所示的流程：
生信技能树
2021-10-21
2.2K
0
转录组上游分析错误（报错大赏）
shell
php
因为是双端测序，所以trim_galore命令需要加上--paired 的参数,其他参数可以--help搜一下~
生信技能树
2021-10-12
1.6K
0
Rstudio Server 不同R版本配置和切换
https
网络安全
shell
ubuntu
linux
Rstudio Desktop for Windows/Mac 切换不同R版本非常简单，Tools→Global Options→General→Basic→R Sessions→R version→Change：
生信技能树
2021-04-29
11.5K
0
全套MeRIP-seq文章图表复现代码
tcp/ip
数据分析
linux
shell
数据处理
这里面的MeDIP-seq指的是DNA，那么MeRIP-seq其实就是RNA水平的又叫做m6a测序，恰好看到了咱们的表观微信交流群我们的生信技能树优秀转录组讲师在分享全套MeRIP-seq文章图表复现代码，我借花献佛整理一下分享给大家：
生信技能树
2021-04-29
776
0
shell字符串单双引号的坑
shell
linux
编程算法
python
运行非常成功！结果正常输出！然后我就愉快地去重并call variant，但是当我查看g.vcf文件时发现样本名为W0
生信技能树
2021-02-04
4.8K
0
Linux系统shell环境下的通配符远比我想的复杂
https
网络安全
shell
linux
bash
其中一台服务器里面有一个用户，提出来了一个无理要求，想把他的用户目录全部清空，包括环境变量等隐藏文件。
生信技能树
2020-11-03
1K
0
一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程
shell
数据库
sql
这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图，整个流程是用Snakemake写的，这个图片也是Snakemake生成的。然后就被jimmy大佬点名了，受宠若惊，所以就有了本文。我是2016年从转录组学习小分队开始正式接触生信技能树，并走上了生信工程师的道路，我被jimmy大佬无私奉献的精神所折服，借此机会表示对jimmy大佬和生信技能树由衷的感谢！如果你也想从转录组开启你的生物信息学学习之旅，不妨考虑一下生信技能树的爆款入门：生信爆款入门-全球听（买一得五）（第4期），你的生物信息学入门课！
生信技能树
2020-04-27
3K
0
生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)
shell
linux
https
windows
网络安全
在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面，我提到过Linux基本上几十年都没有怎么变动过基础知识的，哪怕你现在搜索到十几年前的Linux教学视频，也不会觉得尴尬。而且Linux属于IT工程师必备技能，IT的发展程度远超于我们，再加上各种马哥鸟叔，还有黑马训练营公开30天完整教学视频，按照道理我是没有必要在他们IT专业人士面前班门弄虎的， 毕竟他们随便拿几个偏门知识点就可以问倒我了！不过我们生信技能树的特色是主打生物信息学方向技能建设，而它作为一个典型的教交叉学科，想在此领域成为一个专业靠谱的生信工程师，我们实在是做不到在任何一个非核心知识点投入过多的时间和精力。
生信技能树
2019-09-17
3.6K
0
我还需要和我的猫一起发文章吗？
github
git
开源
https
shell
早年一个学术界的段子一直让我印象深刻，有一些作者独立完成了自己的工作，却囿于投稿杂志的陈规，无法只写一个作者，无（愉）奈（快）间（地）加上了自己的猫，或者邀请其他萌萌哒的小助手作为co-authors。而随着时间的发展，根据学科本身的特点，越来越多的学者喜欢独行侠式科研，毕竟，全栈即自由嘛~正所谓一个人就是一个队伍，那么至今生物信息领域中的独行侠有多少呢，让我们看看大神是怎么统计的。
生信技能树
2019-09-03
520
0
从一个被更新后的GTF文件得到geneID和gene类型的对应关系
数据挖掘
markdown
shell
前面都一帆风顺，但是到第二步 得到geneID和gene类型的对应关系时，遇到了钉子
生信技能树
2019-05-15
3.3K
1
【直播】我的基因组77：批量计算每个蛋白编码基因的测序深度及覆盖度
shell
目前我使用的仍然是hg19系统的参考基因组，所以就在gencode数据库里面下载了基于hg19的gtf注释文件，并格式化如下： head ~/reference/gtf/gencode/protein
生信技能树
2018-03-08
1.1K
0
【直播】我的基因组 33：用samstat软件对sam文件做统计
shell
http
html
在此之前，我不止一次强调过QC的重要性，对全基因组测序等以找variation为主的分析流程来说，不仅仅是对测序数据的QC，还有比对之后的sam/bam文件也需要QC，最后找出的variation文件也需要QC。在我们生信技能树的论坛上面有详细的说明，见：要充分了解你的测序数据--论QC的重要性 (http://www.biotrainee.com/thread-324-1-1.html) 。之前曾耗费了10讲来解析sam格式，就是基于我个人的知识背景来对比对结果进行QC，而事实上，有很多成熟的软件就可以完
生信技能树
2018-03-08
1.9K
0
构建shell脚本一文就够
shell
非常多的朋友在看我们公众号过往转录组，WES,等流程分享的时候发现很难理解我们的代码，其实就是缺乏shell脚本知识，那么这篇教程你就不容错过。 内容 使用多个命令 创建脚本文件 显示消息 使用变量 输入输出重定向 管道 数学运算 退出脚本 一个脚本例子 bed=exon_probe.hg38.gene.bedfor bam in /home/project/*.bamdofile=$(basename $bam )sample=${file%%.*}echo $sampleexport total_re
生信技能树
2018-03-05
1.4K
0
linux和shell思维导图的分享
linux
shell
数据分析
数据库
这两天朋友圈被刷屏了，原因大家都知道。 同时，数据分析聊天群也是被刷屏了，因为长城的问题。 不过，有一个有意思的思维导图也刷了一下我的屏。 大概是下面这样的： 实在是太复杂了，我这种没头脑的人，学不
生信技能树
2018-03-05
1.9K
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