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多个样品独立的txt文件如何批量读取并且整合到一个表达矩阵
flink
大数据
linux
在:http://www.biotrainee.com/thread-8003-1-1.html 可以看到如下所示的提问:
生信技能树
2021-02-03
1.7K
0
NODE高通量数据库基础介绍及其页面规律
node.js
大数据
数据库
sql
https
National Omics Data Encyclopedia,NODE,国家组学数据百科全书(也太霸气了),是由中科院上海营养与健康研究所及中科院计算生物所PICB 建立的,致力于:
生信技能树
2021-02-03
2.3K
0
都2020年了你还在用tophat吗(RNA-seq数据免费分析)
大数据
数据分析
如果你现在(2020)做人类数据分析,比如lncRNA的鉴定啥的,当然是走hisat2+stringTie流程啦,取代已经十多年了的tophat+Cufflinks流程。但是我这两天假期无聊刷文献,看到发表在Theranostics 2020,的研究文章:Long noncoding RNA PiHL regulates p53 protein stability through GRWD1/RPL11/MDM2 axis in colorectal cancer里面的RNA-seq数据居然还是在走十几年前的tophat流程哦,有趣,而且写的不清不楚那个FPKM是如何计算的。在广州锐博公司?
生信技能树
2020-02-20
1.4K
0
使用R包判定CRC稳定的分子亚型(附-中大六院博士后招聘)
数据结构
数据库
sql
大数据
是CRC分子分型领域的权威,提出4个consensus molecular subtypes (CMSs),该研究整合了18个公共数据集,成功的划分成为了稳定的4类:
生信技能树
2019-12-05
1.4K
0
“精准医学研究”重点专项阶段性成果大揭秘
医疗
大数据
asp
安全
数据库
自从2016年科技部公布了国家重点研发计划 “精准医学研究”重点专项,陆续有97(2016年第一批批准61个,2017年第二批批准36个)个项目获得支持。
生信技能树
2018-12-07
1.7K
0
学好生信,救人一命
数据分析
大数据
机器学习
编程算法
数据库
最近谈到癌症的话题,可能让人立马谈”病”色变。但是早在两年前,一个生物学家利用数据分析,成功治好了自己的癌症。
生信技能树
2018-12-07
577
0
R语言的各种统计分布函数
r 语言
大数据
数据分析
http://www.bio-info-trainee.com/1656.html
生信技能树
2018-07-27
6.6K
0
使用R语言获取人类所有基因的名字,ID,symbol以及别名
r 语言
大数据
然后直接把下面的代码运行一下,把输出的all_gene_bioconductor.html文件好好看看, 就明白了。
生信技能树
2018-07-27
3.1K
0
用了旧的CNV芯片还用旧的参考基因组,把数据发出来也不容易啊
大数据
数据分析
Published online 2017 Mar 16. doi: 10.1186/s13058-017-0825-6
生信技能树
2018-07-27
500
0
GATK4的mutect2流程
大数据
数据分析
本来以为肿瘤外显子教程分享完了,经粉丝提醒才发现原来是我在自己的生信菜鸟团博客连载完毕,却没有上传到微信公众号,给大家说一声抱歉,漏掉几个知识点。首先看看GATK4的mutect2和GATK3的相比有哪些改动,图片来源:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/10911/differences-between-gatk3-mutect2-and-gatk4-mutect2
生信技能树
2018-07-27
2.9K
0
TPM格式搜索错了,好尴尬
大数据
数据分析
通常情况下我会使用 featureCounts 得到表达矩阵是 raw counts, 但总是有人需要我转换成各种形式,比如 RPKM, FPKM and TPM
生信技能树
2018-07-27
1.1K
0
这可能是我见过最简单的一篇SCI了
大数据
数据分析
批次很多时候无法避免,比如文章 Biomed Res Int. 2014 . doi: 10.1155/2014/319534 就提到:
生信技能树
2018-07-27
508
0
GWAS筛查多民族癌症易感基因
大数据
数据分析
发表于: 6.1影响因子 PLoS Genet. 2013 Mar , 使用的是 能覆盖 191,032 common and rare nonsynonymous, splice site, or nonsense variants 位点是 Illumina HumanExome SNP array,此cohort 纳入了
生信技能树
2018-07-27
706
0
我的第一R包- 生信配置文件大全
大数据
数据分析
json
r 语言
github
大家好,我是李剑峰,生信技能树论坛的VIP小编,目前在上海交通大学医学院附属瑞金医院进行研究生阶段的学习,主要研究方向是生物信息学、医学信息学、大数据综合分析、临床诊断数据分析、DNA-seq, RNA-seq数据分析。很高兴又和读者朋友见面啦,有心的同学应该还记得我的上一篇教程: Pecan Data Portal 系列教程(一) 很不幸,该网站被我们伟大的长城给屏蔽了,所以系列教程暂时夭折,不过,分享的脚步不会停下,下面介绍我的一个R包! 简介 configr 是我上传到CRAN的第一个R包,主要功能是
生信技能树
2018-03-09
1.4K
0
没有自己的服务器如何学习生物数据分析(上篇)
数据分析
大数据
spark
编者注:完整文章首发于作者博客 http://huboqiang.cn/ 在这篇文章中,作者利用大数据平台 IBM data science 对生信技能树论坛的一道生物信息入门题进行了分析。 由于文章篇幅较长,我们将分为上篇和下篇分别进行推送。 其中上篇部分主要为大家介绍IBM data science 平台相关知识;下篇则为大家具体展示如何通过该平台运用pySpark来解决我们具体的问题。 希望对那些苦于没有自己的服务器而无法进行生物数据分析学习的朋友有所启发。同时,这篇文章也是非常好的大
生信技能树
2018-03-08
2K
0
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