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文章/答案/技术大牛

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生信技能树

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SCInter——人和小鼠单细胞转录组综合数据库

marker 数据数据库网站 https

文章：Zhao, J., Wang, Y., Feng, C., Yin, M., Gao, Y., Wei, L., ... & Li, C. (2024). SCInter: A comprehensive single-cell transcriptome integration database for human and mouse. Computational and Structural Biotechnology Journal, 23, 77-86. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037023004403

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2024-03-25

960

论单细胞数据造假的可能性

微信 https 函数数据算法

比如大多数人就是做了两分组的六个样品，十万块钱左右的项目。但是呢，因为金主们的外行，所以很多公司走标准流程的过程中其实可以完全不做单细胞的建库测序出真实数据，可以凭空捏造数据。。。。

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2024-03-25

800

ZEBRA——单细胞水平的人和小鼠大脑的基因表达图谱

数据数据库网站 https 模型

文章：Flotho, M., Amand, J., Hirsch, P., Grandke, F., Wyss-Coray, T., Keller, A., & Kern, F. (2024). ZEBRA: a hierarchically integrated gene expression atlas of the murine and human brain at single-cell resolution. Nucleic Acids Research, 52(D1), D1089-D1096. https://academic.oup.com/nar/article/52/D1/D1089/7369788

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2024-03-25

800

10x技术空间单细胞上游定量案例分享（E-MTAB-12043）

https 脚本软件数据

E-MTAB-12043 是2023年初的数据：《RNA Spatial Sequencing of Colorectal Liver Metastases regarding their Histopathological Growth Patterns》，在线链接可以看：

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2024-03-25

840

假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念

数据分析 https tar 架构数据

我们依赖于这个V4的版本的Seurat流程做出来了大量的公共数据集的单细胞转录组降维聚类分群流程，100多个公共单细胞数据集全部的处理，链接：https://pan.baidu.com/s/1MzfqW07P9ZqEA_URQ6rLbA?pwd=3heo

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2023-11-14

1.9K0

批量安装一系列github上面的R包

github api https com tar

ConsensusTME DoubletFinder EPIC MCPcounter SCENIC SCEVAN SCopeLoomR VISION copykat cpbnplot depmap ggforestplot immunedeconv jjAnno mMCPcounter presto scMetabolism spatstat.core tgutil xCell yaGST

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2023-09-19

4130

什么情况下我会把科研思路给你

数据分析 https 笔记数据图表

一些小伙伴根据我们提供的资料做出来了自己的系列笔记，比如新鲜出炉的一篇NC单细胞文章图表复现的7个笔记：

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2023-09-04

1350

GEO数据库的每个GPL平台对应的详细信息获取txt文本文件

数据库 https geo txt 数据

一般来说，GEO数据库的每个GPL平台都有对应的网页，而且可以获取其详细信息的txt文本文件，比如：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc

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2023-09-04

8540

wget小细节（geo数据，figshare数据）

ftp 数据库 sql https 网络安全

数据在CNGBdb，https://db.cngb.org/search/project/CNP0002454/

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2023-03-01

2K0

Linux下的文本排序让我很意外

shell linux html https http

这里就是{1..25}语法，是shell的扩展，shell扩展有以下几种，并按以下顺序处理，当然如果没找到匹配的扩展格式，那就不处理：

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2023-02-28

8990

Python也能画漂亮的complex heatmap？

javascript python https github

对于经常用R语言来画图的科研工作者来说，应该对ComplexHeatmap（https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/）很熟悉了吧。这个包画的热图，既专业又漂亮。

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2023-02-28

9880

scATAC-seq| 可视化DARs

github git 开源腾讯云开发者社区 https

但是没有能坚持下来，其实文章给的配套github代码非常齐全了，就是需要花时间钻研和解读。

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2023-02-28

5890

单细胞基因组测序看拷贝数变异就足够了

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我猜测主要是因为单细胞基因组测序的分析手段有点少，看拷贝数变异就足够了，比如发表于2022年6月份的nature的文章：《cGAS–STING drives the IL-6-dependent survival of chromosomally instable cancers》，里面就有 shallow single-cell whole-genome sequencing. 数据在 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB49800 ，很容易下载里面的测序fastq数据：

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2023-02-28

2600

针对肿瘤常见突变位点设计引物

https 网络安全

目前绝大部分医院的肿瘤相关突变数据的上游测序fastq文件处理都是公司代劳，流程是经典的GATK套装，主要是耗费计算机资源而已。

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2023-02-28

4310

Hail-GWAS教程笔记

https 网络安全 html 数据分析

主要参考自：Hail | GWAS Tutorial[1]本笔记旨在提供Hail功能的概述，重点是操作和查询遗传数据集的功能。我们进行了全基因组SNP关联测试，并证明了需要控制由群体分层引起的混杂。

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2023-02-27

5530

PRIMUS，一个专门针对肿瘤单细胞转录组数据整合的算法

https 网络安全

PRIMUS 来源于最近国人的一篇Sci Adv的文献Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer[1]。作者期望通过研究化疗前后卵巢癌样本的单细胞转录组层面的变化，然而由于卵巢癌肿瘤特有的异质性，不同肿瘤之间细胞成分差异很大，多样本之间整合存在困难。而基于以往的Seurat v3, Harmony, LIGER, mnnCorrect, and fastMNN 以及三种Bulk RNAseq的整合方法（ComBat、ComBat-seq，and limma）整合仍然不能很好的解决这个问题。基于此，作者团队开发了PRIMUS。

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2023-02-27

6280

只有测序数据不知道如何高级分析可以试试看这个期刊

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这就可能非常受生信工程师的喜爱，因为绝大部分生信工程师就是擅长统计可视化，生物学背景比较匮乏而且很难编造一个完整的生物学科研故事。让我们以 2017的文章《Transcriptomic profiling of 39 commonly-used neuroblastoma cell lines》为例说明一下只有测序数据不知道如何高级分析，可以怎么样的发表在期刊杂志：《Scientific Data》吧。

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2023-02-27

3230

Python应该要会一点吧

python ide https

近期看了一下《Python编程从入门到实践》这本书，然后写了一些笔记，和大家分享一下。

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2023-02-27

1.7K0

脑脊液单细胞转录组数据处理

腾讯云开发者社区 https 网络安全数据处理

前些天我们公众号弄了一个活动，详见：春节期间单细胞转录组数据分析全免费，收到了上百个需求，本来呢我们自己就算是春节前后14天不吃不喝不眠不休也不可能完成这么多单细胞数据处理。好在我灵机一动，想起来了前面两个月培养的一百多个在线实习生，毕竟教了他们R语言，转录组，以及单细胞转录组。所以我写了一个还算是比较自动化的单细胞转录组数据处理代码，如果是我自己的，可以在十几分钟就完成复现文章的第一层次降维聚类分群图，比如数据集：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.c

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2023-02-27

3760

肝癌单细胞转录组数据之SRP318499

数据库 sql https 网络安全

其实也有对应的bioproject的ID ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA727404

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2023-02-27

4330

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