腾讯云开发者社区-腾讯云

开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

分子生物和分子模拟计算

专栏作者

18

文章

14252

阅读量

24

订阅数

如何建立膜蛋白体系的动力学模型

遥想快十年前，刚接触分子动力学方法，当时难度真是非常高，既要懂程序，又要有分子力学的基础知识。一直认为软件应为人所用而不是要求人去通过刻苦学习才掌握使用，所以软件要发展就必须要有良好的用户界面，当年有些动力学模拟的软件已经变成僵尸，也有软件不断继承发展壮大，例如NAMD，GROMACS，AMBER。目前成熟的建模方法有两种，一是CHARMM-GUI，二是VMD内置的插件QWIKMD。 CHARMM-GUI的在线服务器input generator提供了membrane builde

2018-07-03

1.9K0

GPU加速分子模拟

电脑配置：X5650*2=24core，48G ecc+reg内存显卡：nvidia C2050*4 6GB DDR5存储器 *4 fermi架构 448个cuda核心*4 单精度浮点性能 1.03Tflops*4 存储器频率 1.GHZ 功耗：238W 平台：centos7+fftw3+nvidia driver 365+cuda8 测试软件：gromacs 5.1.4,手工编译source code 测试结果：相同的体系，不用GPU加速， 1.5ns/day ;启用了GPU加速计算，11ns

2018-07-03

7730

构象搜索案例(Hyperchem)

在这里抛砖引玉，以教科书上的环己烯为例，讲述构象搜索（confromation search）的使用。其实不光Hypercherm可以，Avogadro也可以而且是免费的。教程使用hyperchem只因为界面容易操作。画出饱和的六元环，即环己烯结构。根据教科书的知识，环己烯有boat和chair两种构型，通常我们通过软件建模能得到最稳定的chair式，难以得到boat。选中四个碳原子，选择菜单select--name selection--other,填上标示名字TORSION1(自己命名) 菜单co

2018-07-03

2.3K0

背景：通过实验对比了几种糖苷类化合物在葡萄糖苷酶的水解速率，希望通过计算机解释其水解机理。但是RCSB数据库中只有少量几种beta葡萄糖苷酶的晶体数据，不包含本次试验采用的是苦杏仁的beta葡萄糖苷酶，所以需要通过同源建模的方法建立蛋白质的三维结构。方法：蛋白质测序得到FASTA氨基酸序列文件 1.Swiss-model服务器同源建模结果：通过对比模版，选择同源度(identities)最高68%,覆盖度(coverage)达99%的蛋白质结构，PDB ID为：3CGB最为模版，进行苦杏仁的BET

2018-07-03

4670

没有更多了

社区活动

腾讯技术创作狂欢月

“码”上创作 21 天，分 10000 元奖品池！

Python精品学习库

代码在线跑，知识轻松学

博客搬家 | 分享价值百万资源包

自行/邀约他人一键搬运博客，速成社区影响力并领取好礼

技术创作特训营·精选知识专栏

往期视频·千货材料·成员作品最新动态