生信小驿站

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数据库

用户1359560

零代码功能富集分析(DAVID数据库、KOBAS数据库使用教程)

DAVID (the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)的网址是ht...

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用户1359560

GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)

生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的...

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用户1359560

一文解决TCGA任意肿瘤的差异lncRNA,miRNA,mRNA

首先对TCGA的RNA表达预处理,筛选掉其中的低表达基因(count<10)进行预处理。根据GENCODE Release 29(GRCh38.p12)(htt...

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用户1359560

如何预测miRNA靶基因(miRWalk2.0数据库)

miRWalk2.0是miRWalk数据库的改进版本。 miRWalk2.0可以提供最全面的预测和实验验证的miRNA-mRNA相互作用,可以极大地帮助研究者对...

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用户1359560

重复一篇3分左右纯生信文章(第一部分)

这一次要分享的文章题目是:Five key lncRNAs considered as prognostic targets for predicting pa...

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用户1359560

一文解决RNA测序资料的差异

本文目标: (1)使用edger包做TCGA数据库RNA-seq数据差异分析 (2)使用deseq包做TCGA数据库RNA-seq数据差异分析 (3)使用...

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用户1359560

单基因生信分析流程(1)一文解决TCGA数据下载整理问题

在平常科研工作中,经常有师兄师姐师弟师妹问我:我现在有一个单基因,我该怎么开展生信研究?出现这个问题的原因是:(1)目前生信研究火热也逐渐受到认可(2)许多医学...

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用户1359560

Python数据处理从零开始----第二章(pandas)(十)pandas合并数据

先介绍一下几种数据合并方式:左连接(left join)、右连接(right join)、内连接(inner join)、全连接(full join)。

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用户1359560

Python从零开始第五章生物信息学⑥GEO数据库实战分析(1)目录正文

GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各...

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用户1359560

Python从零开始第五章生物信息学(3):查询目录正文

通常,方法需要访问在线KEGG数据库,因此需要时间。 例如,上面的命令需要几秒钟。 但是,有些是缓冲的,所以下次调用它时会更快。另一个有用的别名是检索所有通路I...

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用户1359560

使用R语言进行机器学习特征选择②

特征工程其实是一个偏工程的术语,在数据库领域可能叫做属性选择,而在统计学领域叫变量选择,其实是一个意思:即最大限度地从原始数据中提取有用信息以供算法和模型使用,...

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