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不同序列相似度和一致度对比（全局比对和局部比对）

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两条长度不同的序列做全局比对，然后计算全局比对中一致字符的个数和相似字符的个数，再除以全局比对的长度，就可以得到它们的一致度和相似度了。比如下面这两条序列：

2020-07-14

6.5K0

单样本基因集富集分析（ssGSEA）

linux https 网络安全

To investigate the immune infiltration landscape of bladder cancer, ssGSEA was performed to assess the level of immune infiltration (recorded as ssGSEA score) in a sample according to the expression levels of immune cell-specific marker genes. Marker genes for most immune cell types were obtained from the article published by Bindea et al (16). Marker genes for M1 macrophages, M2 macrophages, myeloid-derived suppressor cells (MDSCs) and Tregs were obtained from published studies (10,14,17–25). The ssGSEA analysis was performed based on GenePattern environment (26). To run ssGSEA online analysis (https://cloud.genepattern.org), gene expression dataset file (GCT file), immune marker gene set file (GMT file), and other parameters were uploaded as a set. Finally, the ssGSEA scores, representing infiltration levels of immune cells for individual samples, were presented in the output file.

2020-04-01

5.4K0

一文解决ArrayExpress下载（网页版和R语言）

express 数据库 sql https 网络安全

GEO数据库类似，ArrayExpress是属于EBI旗下的公共数据库，用于存放芯片和高通量测序的相关数据。

2020-02-24

2.8K0

python日常技巧（2）将pdf文件中的表格转化成csv文件

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从 PDF 表格中提取表格数据时比较困难的。不久前，一位开发者提供了一个名为 Camelot 的工具，满足大家从 PDF 文件中提取表格数据。

2019-11-21

2.1K0

高校肿瘤科研8月分析报告

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根据2019年8月1日至8月31日pubmed及wos新收录的肿瘤相关文章，我们制作了高校肿瘤科研8月分析报告。

2019-09-23

4030

R包install失败：cannot open URL

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Warning: unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib: cannot open URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'

2019-07-22

4.3K0

两行python代码识别图片上文字

文字识别编程算法 https 网络安全 python

Tesseract 是一款由HP实验室开发由Google维护的开源OCR（Optical Character Recognition , 光学字符识别）引擎。与Microsoft Office Document Imaging（MODI）相比，我们可以不断的训练的库，使图像转换文本的能力不断增强；如果团队深度需要，还可以以它为模板，开发出符合自身需求的OCR引擎。 GitHub 地址：https://github.com/tesseract-... 安装包官方下载地址：https://digi.bib.uni-mannheim... 安装包百度云盘下载地址：https://pan.baidu.com/s/1AOsJ...

2019-03-15

1.7K0

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