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Y大宽

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Cytoscape插件1：Centiscape

node.js android

Cytoscape的插件或多或少都有一些弊端，Centiscape是目前（文章时间2009）唯一一个可以一次计算多个中心值的插件（相对于network analysis等）.它可以根据拓扑和生物学属性寻找最显著差异的基因。它只适合于无向网络，可以计算的参数有（average distance，diameter直径，degree度数，stress压力，betweenness中介性，radiality放射性，closeness紧密度（接近中心性），centroid value质心值，eccentricity离心值。插件的帮助文件有以上的定义，描述，生物学意义和计算的复杂性。每个参数的max，min，mean值都有提供。还可以可视化。右边的滑动块可以调整作者的值（默认是mean）。如果必要的话，可以把其中几个参数给deactive掉，也就是不勾选acitive复选框。用户可以选择其中几个参数more/equal而另外的选择less/equal，也可以假如AND-OR 参数。这些可以马上知道结果例如“哪些节点有高中介性值和高stress同时低离心值？”要注意的是，threshold也可以手动设置。一旦根据用户的选定设置，相应的子图就可以提取显示。两类图的输出可以被支持，根据centrality 画图，根据node画图，以上两种都支持其他工具所不支持的分析。 The plot by node 可以提供任何一个node 的所有计算的centiscape值，并以bar 图展示。Mean，max，min以不同颜色显示。图中的所有值都是标准化的，当用鼠标指向某一个时候显示的是真实值。 The plot by centrality 根据中心性画图。可以有五种方式画图 1 centrality vs centrality 2.centrality vs experimental data 3.experimental data vs experimental data 4.centrality vs itself 5.experimental vs itself 仔细看怎么用（plot by centrality可以发掘根据特殊的拓扑或实验特性聚成一类的群。并可以提取子网络进一步分析。拓扑特性和实验数据的结合可以用来对子网络的功能进行更多的有意义的预测或实验证实。文章作者然后用一个例子来具体说明整个网络的拓扑性质的总体会首先看到诸如min，max，mean等。例如，degree的平均值是13.5，平均距离是3显示这是一个高度连接的网络，也就是其中蛋白发生了强烈的相互作用。为了找到最高分蛋白的找出，我们可以应用“plot by centrality”。画degree over degree，显示，分布是不均匀的，大多数nodes有低degree，很少的有高degree的。这和已知的生物网络的无尺度架构一致。下面这个是我的ucco的值，结果差不多，低degree的多余高degree的。

2019-02-25

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