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文章/答案/技术大牛

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Y大宽

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用SeqinR包获取蛋白序列并进行比较

1 uniprot获取蛋白序列 #retrieving a uniprot protein sequence using SeqinR library("seqinr") choosebank("swissprot") leprae <- query("leprae","AC=Q9CD83") lepraeseq <- getSequence(leprae$req[[1]]) ulcerans <- query("ulcerans","AC=A0PQ23") ulceransseq <- getSequen

2019-03-04

1.3K0

Cytoscape中文教程（3）

典型的是，这些基因是对你的实验调节反应比较强烈的基因（也就是差异基因）。下面讲描述三种和这些基因相关的输入网络数据到cytoscape的方法： A：querying相互作用数据库 B：通过文本挖掘计数建立关系网络 C：加载自己的网络数据（从text tile）究竟选取哪一种方式基于那种是最适合你的案例的。想跟从下面步骤的话下载galFiltered.sif文件，继续步骤。这个文件中，最有效的网络的建立至少有250个interacitons。为了获取这样的一个网络，至少得有25个gene，也可以增加更多的基因和更多的关系获取最理想的size。

2019-02-25

3.6K0

3️⃣ 多序列比对(1):简介

多序列比对是对3条以上（包括3条）DNA,RNA或蛋白序列进行比对。基础仍然是双序列比对。具体就是对多条序列插入空位，是的插入空位后的全局比对结果有相同的长度，并且结果中不能出现一列全部是空位（也就是每条序列的同一个位置都没用字母）。

2019-01-28

1.3K0

1️⃣ 序列获取（1）：DNA序列获取

数据库 sql https 网络安全 go 生物基因

已经无法打开具体请参考文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC29767/

2019-01-28

1.1K0

1️⃣ 序列获取（2）：RNA序列获取

数据库 sql 生物基因

虽不编码蛋白质，但是参与包括染色质结构重建，基因表达层面的转录和翻译调控，亚细胞位置等调控。主要来自于

2019-01-28

1.3K0

序列比对与序列特征分析

序列比对包括序列之间的比较分析和序列组成和特征分析。 0️⃣ 序列比对的概念 1️⃣ 序列获取：序列获取(1):DNA 序列获取(2):RNA 序列获取(3):蛋白质 2️⃣ 双序列比对双序列比对算法 3️⃣ 多序列比对 1 多序列比对简介 2 多序列比对方法 3 常用工具和数据库 4️⃣ 核酸序列特征分析 1 基因开放阅读框的识别 2 内含子/外显子剪切位点的识别 3 序列motif的查找和可视化工具 4 密码子使用模式的分析 5 限制性内切酶位点分析 6 重复序列的查找

2019-01-28

1.3K0

4️⃣ 核酸序列特征分析(1):开放阅读框识别

数据库 sql 生物基因

序列比对和序列特征分析总目录阅读框Open Reading Frame，ORF ORF指的是DNA上的序列，从5'端翻译起始密码子ATG到终止密码子(TAA,TAG,TGA)的蛋白质编码序列。对于任意给定的一段DNA，有两个问题需要考虑，一是DNA双链中的哪条是编码链二是编码区究竟从第一个碱基开始进行编码所以每条链都有潜在的3种ORF，而对于双链DNA来说就有6种可能的ORF。也就是说先从给定的DNA单链为模版，分别从5'-3'方向第123个碱基开始翻译，再以互补链为模版，分别从3'-5

2019-01-28

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