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HUBU生信

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第二次RNA-seq实战总结(2)-数据下载并进行数据处理

原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177 这篇文章的数据适中，不仅可以用来做RNA-seq，后面我们

戈贝尔光和热

2018-12-27

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第二次RNA-seq实战总结(3)-用DESeq2进行基因表达差异分析

DESeq2是一个用于分析基因表达差异的R包，具体操作姚在R语言中运行 1.R语言安装DESeq2

戈贝尔光和热

2018-12-27

4K0

一些生信工具的总结

2.ncbi中SRA的ftp下载链接为： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/， SRA数据库的格式为：

戈贝尔光和热

2018-12-27

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对希尔排序的一点理解

希尔排序实际上是一种特殊的插入排序，它是通过对直接插入排序的一些特点的利用，从而达到化简得效果。具体内容为：

戈贝尔光和热

2018-12-27

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turtle作图：用turtle画一个小猪佩奇（详解！）

之前的一篇文章大致说了一下turtle这个模块的基本操作，不知道的朋友可以去看看，真的超级简单：python：turtle作图基础。

戈贝尔光和热

2018-12-27

3.3K0

prefetch命令下载SRA文件

除了利用ascp命令从NCBI下载SRA文件外，SRAtoolkit也提供了prefetch命令用于下载SRA文件。

戈贝尔光和热

2018-12-27

4.6K0

fastq-dump从SRA文件中提取fastq文件

fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令，用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下：

戈贝尔光和热

2018-12-27

7.9K0

tophat2+cufflinks进行转录组的比对分析

序列比对用到tophat2软件，使用tophat软件的优点在于tophat2在将待测序列与参考基因组比对后，会直接生成bam文件，生成的bam文件直接可以给cufflinks构建转录本，从而避免了使用其他软件时生成的sam文件要转化成bam文件才能作为cufflinks的输入文件代码如下

戈贝尔光和热

2018-12-27

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Fastqc安装中可能遇到的问题

一、安装JAVA环境这一步个人并非按照xiaoming老师的步骤所做，而是直接输入sudo apt-get install default-jre完成，因为并不确定该方法是否会造成某些问题，大家姑且当做优先级较低的那一个吧

戈贝尔光和热

2018-12-27

4.7K0

tophat2+cufflinks转录组测序实例（1）——原始数据的获取

tophat2+cufflinks转录组测序实例将为你介绍转录组测序也就是最近热门的RNAseq整个流程，有兴趣的小伙伴可以点个关注，一起讨论学习！

戈贝尔光和热

2018-12-27

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ubuntu下java环境配置

许多linux软件是java语言编写的，它们的运行需要java环境。所以正确的配置java环境很重要。java环境配置分两种方式：

戈贝尔光和热

2018-12-27

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fastqc 批处理文件

当我们获取到许多的测序数据的fastq文件，我们为了方便，通过shell编程写一个批处理脚本来对许多文件进行质控。 1 首先在创建一个文件夹存放fastq文件或者fastq.gz文件，将fastq文件和fastq.gz文件放进去

戈贝尔光和热

2018-12-27

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