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育种数据分析之放飞自我

生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
专栏作者
348
文章
553651
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80
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批量100个性状进行gwas分析--代码分享
GWAS分析时,3~5个性状是正常操作,要分析100个性状呢,手动修改参数,工作量是够了,但是程序员的修养体现在哪里了???
邓飞
2024-03-25
580
配合力为负值咋整啊???
大家好,我是邓飞,作为育种数据分析的段子手,数据分析水平不敢保证,但是段子确实香。经常有小伙伴抛出各种育种数据分析相关的问题,当问题比较多了,我觉得应该写一篇博客了,毕竟,别人问你一个问题,再没有抛过去一篇博客,什么话都不说更爽的了,暗爽。
邓飞
2024-03-25
480
R语言计算多基因评分(PRS)
GWAS分析结果中,有每个SNP的beta值、se值、P值,因为GWAS分析中将SNP变为0-1-2编码,所以这些显著的SNP的beta值,就可以用于预测。
邓飞
2024-03-25
910
根红苗正的GWAS软件:GEMMA
现在GWAS更多使用LMM模型,这个模型plink没法做,下面介绍GEMMA软件。学习plink软件做GWAS,更多的是学习数据质控和GWAS原理,真正应用广泛的还要是混合线性模型LMM或MLM,GEMMA是一个明星软件,当然也有其它软件,比如GAPIT、FamCPU、rMVP、GCTA,最近又新出了一个fastGWS软件,后面的教程都要包含在内。
邓飞
2024-03-25
1020
如何通过Genstat软件来计算遗传力和配合力?
对于不经常编程的小伙伴,Genstat窗口的选择模型,方差分析、混合线性模型、配合力分析、基因与环境互作等功能,特别适合农业方向的数据分析。这个软件功能很强大,通过鼠标点击的形式就可以进行复杂模型的分析,非常666。
邓飞
2024-03-25
470
关于遗传力常见的误解
大家好,我是邓飞,今天看了一篇非常好的文章,介绍了遗传力相关概念和计算方法,里面提到了常见的误解,这里汇总一下。
邓飞
2024-03-13
1050
如何通过可视化解读GWAS分析结果
最近有老师问GWAS可视化的内容,GWAS分析结果没有曼哈顿图和QQ图是没有灵魂的,这两个图究竟怎么看呢,下面介绍一下:
邓飞
2024-03-13
890
GWAS分析结果为何要关注遗传力的大小
通俗来讲,就是可遗传的百分比,如果遗传力很高,那么子代的表现和亲本的表现高度相关,如果遗传力很低,那么子代的表现和亲本的表现相关性很低,之前写过一篇博客,介绍遗传力相关的公式推导:回归系数 相关系数 遗传力之间的关系
邓飞
2024-02-26
1340
显著SNP的基因注释教程!
大家好,我是邓飞。前几天推荐了一个快速学习GWAS的方法,还没看过的点击查看:所以GWAS学习看视频还是看代码?
邓飞
2024-01-17
3270
ggplot2 分组柱形图 加数字标签
这里面,比如ID是两个地点,Cul是5个品种,产量数据,比较两个品种在5个地点的表现,把数字加上去,就形成了上面的图。
邓飞
2024-01-10
920
plink文件使用Haploview进行单倍型分析
大家好,我是邓飞,之前写了Haploview进行单倍型分析的教程(Haploview做单倍型教程一文打尽),有示例数据和操作流程,但是有些朋友用自己的数据分析时,会有各种问题,最近星球上有小伙伴发了一个帖子,叙述了自己的问题,各种尝试,还是错误,淡淡的忧伤和砸电脑的冲动……
邓飞
2023-12-20
2290
R语言计算Logistic的efect和OR值以及置信区间
各位小伙伴,大家好,我是邓飞,今天介绍一下,如何使用R语言进行logistic分析,并且计算OR值和置信区间。
邓飞
2023-11-27
3170
计算配合力(附代码和数据)以及常见问题解答
可以认为,玉米侧交试验,是一个NCII的试验,在玉米实际的育种中,由于其测用结合的特性,应用广泛。
邓飞
2023-11-23
3590
不同版本基因组文件如何位置相互转化?
大家好,我是邓飞。前一段时间有小伙伴在星球提问:想将不同版本的SNP数据合并,不想重新call snp,想把绵羊的V2和V4版本的数据合并,具体来说,是V2转为V4然后与V4合并。
邓飞
2023-11-17
2930
批量对显著性SNP进行注释:bedtools
虽然,饭要一口一口的吃,注释要一个一个的进行,否则走的太快……。然鹅,不批量彰显不出数据分析师的骄傲。
邓飞
2023-11-13
1820
gemma软件在Linux安装教程
GCTA和GEMMA是GWAS分析中应用最广泛的两款软件,GCTA可以在Windows电脑下运行,而GEMMA软件只有Linux和Mac系统,这里介绍一下如何在Linux系统中安装GEMMA软件。
邓飞
2023-11-05
6620
解决方案 | 多个plink文件合并的方法
典型的情况:现在有4条染色体的数据,每个染色体一套plink文件,如何合并在一起。
邓飞
2023-10-27
3170
GWAS软件包:GAPIT3它来啦
GAPIT是一款非常老的而且非常流行的软件包,傻瓜式操作,一键出图出结果,一篮子的解决方案,是我最经常使用的GWAS分析软件包。
邓飞
2023-10-26
3740
plink分析100个性状的批量gwas分析
GWAS分析时,3~5个性状是正常操作,要分析100个性状呢,手动修改参数,工作量是够了,但是程序员的修养体现在哪里了???
邓飞
2023-10-20
2500
GWAS分析中的GO和KEGG富集分析教程
大家好,我是邓飞,上一次,我们介绍如何根据显著性snp,使用bedtools根据上下游距离,根据gff文件注释基因。(使用bedtools进行gwas基因注释)
邓飞
2023-10-20
3260
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