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文章/答案/技术大牛

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育种数据分析之放飞自我

生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS

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80

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不同版本基因组文件如何位置相互转化？

网站 map 软件数据系统

大家好，我是邓飞。前一段时间有小伙伴在星球提问：想将不同版本的SNP数据合并，不想重新call snp，想把绵羊的V2和V4版本的数据合并，具体来说，是V2转为V4然后与V4合并。

2023-11-17

3520

GCTA学习8 | 计算多性状遗传力和遗传相关

网站编程算法

大家好，我是飞哥，这一段时间，一直学习GCTA这个软件，学习的过程中就进行了记录和分享。奈何这款软件还是太小众，阅读量不断的降低，不过写的过程是总结的过程，对我自己学习掌握很有帮助。

2022-02-09

1.2K0

GCTA学习7 | 计算单性状遗传力和标准误

网站编程算法

前面的几节中，我们介绍了GCTA计算G矩阵，本节我们介绍，如果使用GCTA进行遗传力的估计。

2022-02-09

2K0

GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE值

本节，介绍如何使用R语言的asreml包拟合混合线性模型，定义残差异质，计算最佳线性无偏估计（blue）

2021-12-20

7030

育种中如何检查系谱是否有错误

这里推荐我写的R包learnasreml中的check_pedigree函数，简单好用，结果友好。能够检查：

2021-12-12

2.7K0

混合线性模型 | 常用模型与代码演示

看报错，应该是Rcpp版本过低导致的，我建议老师重新安装一下lme4和Rcpp，如果还不成功，那就回到lib目录，手动删除这两个包，然后再重新安装，毕竟之前写过经验贴：R包安装失败之粗暴解决方法，以及不用砸电脑成功安装R包的方法。

2021-12-06

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育种数据分析中的遗传相关及其显著性的计算

http html 网站

3. 软件实现遗传相关计算 3.1 数据格式前三列是系谱，有3个性状： y1, y2, y3 , 想要计算y1和y3的遗传相关，并用LRT检验显著性

2021-03-30

2.3K0

N2 | 一年多点数据如何计算BLUP值

上一节，介绍了什么是BLUP值（N1 | 什么是BLUP值？），鸽了这么多天，今天水一篇。

2021-01-12

2K0

笔记 | GWAS 操作流程2-2：性别质控

「原理：」检查性别差异。先验信息，女性的受试者的F值必须小于0.2，男性的受试者的F值必须大于0.8。这个F值是基于X染色体近交（纯合子）估计。不符合这些要求的受试者被PLINK标记为“PROBLEM”。

2020-05-18

1.1K0

DMU遗传评估从入门到出家系列

网站编程算法

DMU是一个数量遗传学工具包，主要功能包括估计方差组分和固定效应，预测育种值。DMU的开发历史可以追溯到25年前，大部分功能基于数量遗传学研究的需求而开发。在丹麦动物育种研究中，DMU是一个主要的统计研究工具（估计和预测）。此外，DMU也应用于丹麦牛，羊，貂和马等常规遗传评估研究。因此，DMU不但在一些特定的项目中具备高性能优势，也适用于常规数量遗传学研究。“DMU”名称最初来自于程序包中用来进行初始化的过程名字缩写。这些过程利用约束最大似然法（REML），通过Derivative-free方式执行MUltivariate analysis，因此得名DMU。但是，在当前的DMU版本中，并不包括DF-REML模块，现在D仅代表DJF（丹麦农业科学学院的缩写）。

2020-05-17

3.2K1

笔记 | GWAS 操作流程2-5：杂合率检验

一般自然群体，基因型个体的杂合度过高或者过低，都不正常，我们需要根据杂合度进行过滤。偏差可能表明样品受到污染，近亲繁殖。我们建议删除样品杂合率平均值中偏离±3 SD的个体。

2020-04-27

1.7K0

线性混合模型系列五：REML实战

宁超在他的公众号“Pythn与数量遗传学”的“方差组分估计之约束最大似然”文章中，给出了下面两种计算公式，公式一是直接似然函数（direct REML），公式二是间接的似然函数（MME based REML）。

2019-12-05

2K0

多年多年数据如何计算BLUE值

一年多点或者多年多点的植物数据中，一个基因型（品种）往往有多个表型数据，但只有一个基因型，在GWAS关联分析中，就需要一个基因型对应一个表型数据。

2019-12-05

2.4K0

shell 脚本 for循环中镶嵌nohup 后台执行

bash bash 指令网站

平时工作中，主要任务是改代码，然后才是写代码，很多代码可以复用，很多分析可以批量进行。今天介绍一下在Linux下批量执行代码的方法。复杂的可以用snakemake编写定义规则，简单的用shell直接写就可以。

2019-09-04

4.8K0

asreml 设定初始值固定初始值

一个朋友问我，如何固定asreml的初始值，现在分为单性状和多性状进行说明。为何要固定初始值： 1，由于群体较小，估算的方差组分不准确，需要手动设定初始值，直接进行求解 2，有些群体数据，估算方差组分不收敛，需要手动固定初始值为何要设定初始值： 1，从头进行估算，模型运行时间较长，根据先验信息，手动设定初始值，迭代收敛速度更快 2，多性状分析中，模型不容易收敛，手动设定初始值，更容易收敛和迭代

2019-07-28

5300

全基因组选择介绍及实践-1

网站量子密钥管理服务

这篇是基因组选择的理论加实践，因为我看到一句话，Talk is cheap. Show me the code，很有感触，有感而写。使用的包是R的sommer和asreml，其实强健的还是成熟的软件，比如DMU，BLUPF90，PIBLUP，ASreml等，但sommer作为基本功能的演示，非常合适。

2019-06-13

1.4K0

混合线性模型介绍--Wiki

混合线性模型：是即包括固定因子，又包括随机因子的模型。混合线性模型被广泛应用于物理、生物和社会科学。尤其是一些重复测量的数据及面板数据。混合线性模型比较突出的特点是可以非常好的处理缺失值，相对于传统的方差分析，它有更广泛的使用范围。

2019-06-13

2K0

基因组选择和SNP分析在ASREML-SA中的实现方法

asreml是非常强大的软件, 由于太强大, 很多人不会使用. 基因组选择在育种中的应用, 其基础是常规的系谱动物模型, 动物模型也可以很复杂, 看一下asreml的说明书就知道了, 有300多页, 据我了解, 其厚度可以用这个公式表示:

2019-06-13

1.7K0

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